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GROMACS模拟中相同原子的原子电荷是否需要平均化

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发布时间: 2024-8-2 01:28

正文摘要:

题主在用GROMACS进行MOFs的动力学模拟。基本步骤是: 1)从单晶XRD拿到单个晶胞结构(552个原子,包含6个有机配体与3个金属簇),利用CP2K进行优化,同时用Multiwfn计算原子电荷 2)用sobtop产生拓扑文件,添加原 ...

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AlexShan_UCLA 发表于 Post on 2024-8-2 08:23:22
sobereva 发表于 2024-8-2 04:23
1 可以忽略。你不主动提的话审稿人也不会想得到

2 需要。如果嫌麻烦的话,计算拟合静电势电荷时可以用更 ...

明白了,谢谢sob老师的解答
sobereva 发表于 Post on 2024-8-2 04:23:34
1 可以忽略。你不主动提的话审稿人也不会想得到

2 需要。如果嫌麻烦的话,计算拟合静电势电荷时可以用更多拟合点,不等价性会显著减小。

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