GROMACS模拟中相同原子的原子电荷是否需要平均化

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发布时间: 2024-8-2 01:28

题主在用GROMACS进行MOFs的动力学模拟。基本步骤是： 1）从单晶XRD拿到单个晶胞结构（552个原子，包含6个有机配体与3个金属簇），利用CP2K进行优化，同时用Multiwfn计算原子电荷 2）用sobtop产生拓扑文件，添加原 ...

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AlexShan_UCLA 发表于 Post on 2024-8-2 08:23:22

sobereva 发表于 2024-8-2 04:23
1 可以忽略。你不主动提的话审稿人也不会想得到

2 需要。如果嫌麻烦的话，计算拟合静电势电荷时可以用更 ...

明白了，谢谢sob老师的解答

sobereva 发表于 Post on 2024-8-2 04:23:34

1 可以忽略。你不主动提的话审稿人也不会想得到

2 需要。如果嫌麻烦的话，计算拟合静电势电荷时可以用更多拟合点，不等价性会显著减小。

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