GROMACS模拟中相同原子的原子电荷是否需要平均化

AlexShan_UCLA

题主在用GROMACS进行MOFs的动力学模拟。基本步骤是：
1）从单晶XRD拿到单个晶胞结构（552个原子，包含6个有机配体与3个金属簇），利用CP2K进行优化，同时用Multiwfn计算原子电荷
2）用sobtop产生拓扑文件，添加原子电荷与拟合的（GAFF中缺失的）力场参数
3）用GROMACS进行模拟

晶胞中的6个配体（以及3个金属簇）理论上化学环境是完全相同的，因此不同配体中的相同原子，以及同一配体中互相等价的原子，应当具有相同的原子电荷。但计算的时候毕竟把晶胞当成了一个整体，因此相同原子的原子电荷难免会有细微的差别。不过这个差别不算大，只在小数点后第二位（~0.01）。

题主的问题主要有两个：
1）这种误差在动力学模拟中是否可以默认接受？题主研究的是二维排列的旋转偶极（rotary dipoles）之间的相互作用以及自发排列/关联运动（correlated motions），如图所示，因此可能需要对偶极矩的处理更加严谨一些？p.s. 根据目前的模拟结果来看，这个级别的原子电荷误差似乎没有影响。只是不确定审稿人是否会问到。
2）如果确实要把相同原子的原子电荷平均化，是否只能手动写脚本，来指认相同的原子，再赋予平均后的原子电荷？

sobereva

1 可以忽略。你不主动提的话审稿人也不会想得到

2 需要。如果嫌麻烦的话，计算拟合静电势电荷时可以用更多拟合点，不等价性会显著减小。

AlexShan_UCLA

sobereva 发表于 2024-8-2 04:23
1 可以忽略。你不主动提的话审稿人也不会想得到

2 需要。如果嫌麻烦的话，计算拟合静电势电荷时可以用更 ...

明白了，谢谢sob老师的解答