1154975925 发表于 2024-9-10 10:08
你看看RMSD怎么样 是不是很大

好的，谢谢您！抱歉才回复
请问RMSD大的话是不是说明还没有完全平衡呢？

你看看RMSD怎么样 是不是很大

谢谢卢老师的回复！我用的OPLS-AA的力场，是从ERG server上得到的。
这个单独的分子在NVT条件下跑了10 ns，从势能和构象来看，这个孤立的分子应该是达到了比较稳定的状态，势能是在1100 kJ左右波动，我理解应该原子间的近接触这种是不是应该是体系刚开始的时候还没到平衡态的时候的情况？
或许这是因为如您所说，因为是个孤立的分子，分子间的静电吸引和色散作用是没有的，所以能量为负的项贡献太少了。
因为我还需要把团在一起的这个分子拉开，我是用Gromacs的Pull设置，一端原子固定，再另一端的原子上施加力，发现分子再拉开之后势能是负的，大概是-500 kJ，我也很疑惑，一是施加拉力后为什么势能就为负了，二是拉开后的分子和最初的构型（势能是2100 kJ左右）是比较相近的，但是两个的势能值看起来有很大的差别，可否请您再帮忙解答下

势能是基于力场定义算的，根据势函数的特征就知道怎么回事。例如，如果分子内对能量有负贡献的静电吸引和色散作用相对有限，而结构扭曲、热运动导致原子间的近接触等因素致使很多成键相关的项偏离平衡参数显著、范德华项中的交换-互斥项较大，因而对势能有很正的贡献，总势能就会为正。当前没有必然的异常。