求助体系稳定后势能为正的问题

mgqqlwq · 发表于 Post on 2024-8-31 01:43:59

本帖最后由 mgqqlwq 于 2024-8-31 01:46 编辑

我的体系是一个大分子在一个足够大的盒子内，三个方向都是周期性边界，然后让体系在NVT下跑，初始的分子基本展开的，模拟跑起来后这个大分子会缩在一起，我理解缩在一起是因为可以降低体系的能量，更为稳定一些。模拟是用gromacs跑的
我想看一下体系的势能，通过`gmx energy`输出Potential，但是我发现初始Potential的值大概是2100 kJ，之后很快降为1100 kJ左右并保持稳定。
我想求助一个可能比较naive的问题，为啥像我这个系统势能是正值呢？因为一般体系见到的都是负值，所以我预期势能应该是负值

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-31 05:34:49

势能是基于力场定义算的，根据势函数的特征就知道怎么回事。例如，如果分子内对能量有负贡献的静电吸引和色散作用相对有限，而结构扭曲、热运动导致原子间的近接触等因素致使很多成键相关的项偏离平衡参数显著、范德华项中的交换-互斥项较大，因而对势能有很正的贡献，总势能就会为正。当前没有必然的异常。

mgqqlwq · 发表于 Post on 2024-8-31 18:03:51

本帖最后由 mgqqlwq 于 2024-8-31 18:06 编辑

谢谢卢老师的回复！我用的OPLS-AA的力场，是从ERG server上得到的。
这个单独的分子在NVT条件下跑了10 ns，从势能和构象来看，这个孤立的分子应该是达到了比较稳定的状态，势能是在1100 kJ左右波动，我理解应该原子间的近接触这种是不是应该是体系刚开始的时候还没到平衡态的时候的情况？
或许这是因为如您所说，因为是个孤立的分子，分子间的静电吸引和色散作用是没有的，所以能量为负的项贡献太少了。
因为我还需要把团在一起的这个分子拉开，我是用Gromacs的Pull设置，一端原子固定，再另一端的原子上施加力，发现分子再拉开之后势能是负的，大概是-500 kJ，我也很疑惑，一是施加拉力后为什么势能就为负了，二是拉开后的分子和最初的构型（势能是2100 kJ左右）是比较相近的，但是两个的势能值看起来有很大的差别，可否请您再帮忙解答下

1154975925 · 发表于 Post on 2024-9-10 10:08:58

你看看RMSD怎么样是不是很大

mgqqlwq · 发表于 Post on 2024-10-23 04:58:13

1154975925 发表于 2024-9-10 10:08
你看看RMSD怎么样是不是很大

好的，谢谢您！抱歉才回复
请问RMSD大的话是不是说明还没有完全平衡呢？

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[GROMACS] 求助体系稳定后势能为正的问题