FalseAndRight 发表于 2024-9-11 15:28
你好，我采用你的思路进行了MD计算，模型采用的都是单个分子，一个CO2分子和一个吸附物质，我首先计算了 ...

你好，请问你的问题解决了吗，我最近也想用MD计算单个分子的基底上的吸附能，奈何一直找不到相关研究支撑，您这有看到相关文献吗，有的话不知是否可以分享一下给我呢，谢谢

Zt2020666 发表于 2024-9-4 23:22
1.刚性扫描可以直接实现。http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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你好，我采用你的思路进行了MD计算，模型采用的都是单个分子，一个CO2分子和一个吸附物质，我首先计算了单个CO2、单个吸附物质的能量，考虑了水环境，其中水分子个数都相同，然后再计算了该物质吸附CO2的能量，水分子个数也保持相同，上述能量的输出都是用热力学输出的etotal参数，不过，我发现几个问题：
1. 吸附计算的时候，这两个都到处乱跑，没有像DFT计算那样慢慢靠拢吸附，考虑到我要固定z轴计算，我先固定了CO2的C原子，运行时发现吸附物质仍然到处跑，我的想法是继续固定吸附物质的一个原子，这样两者虽然不会动，但是也算我想得到的固定z轴坐标的吸附能吧？
2. 我按照这个想法，计算了能量，发现单个吸附物质、单个CO2、吸附物质+CO2，这三个的etotal能量都差不多，如果按照吸附能公式计算的话，不对劲，所以，想请教一下，我的思路有什么不对的吗？或者有什么好的办法吗？
感谢

Zt2020666 发表于 2024-9-4 23:22
1.刚性扫描可以直接实现。http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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感谢您的回复，对我帮助很大，我再去试试。

1.刚性扫描可以直接实现。http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

2.DFT的计算模型应该与MD的一致，如果DFT是单分子，MD肯定也是单分子，另外，你这多个分子一起吸附算平均没啥人这么干。吸附如果是化学吸附肯定是放热的，有能量极小点，只能说不一定能找到想要的极小点罢了，表面上可能有不同的吸附位点。