| 你把pdb加载进vmd，然后再把psf加载进去，肽键的N和O坐标都快重叠了，氢的个数明显也不对啊。建模就有严重问题。 |
student0618 发表于 2024-9-21 21:08 不好意思，我是纯粹好奇，也不是好奇您的回帖。而且您说的很正宗，没问题 |
本帖最后由 student0618 于 2024-9-21 21:09 编辑 lonemen 发表于 2024-9-21 20:55 我习惯用英语写科学相关的内容，最近才开始尝试练习用中文。跟国内老师聊研究时我都只能中英夹杂的说，有时直接说英语便算了。借这论坛练习中文，结果文笔太差伤到阁下眼睛真是非常抱歉啦，可回贴代我改一改哦。 |
| 对的是不是？没问题是不是？哪里的方言啊 |
student0618 发表于 2024-9-21 17:32 好的 谢谢老师 |
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本帖最后由 student0618 于 2024-9-21 17:33 编辑 你给的两张图，尤其是第二张，可清楚见到所有残基C端是COO-而N端是NH3+，多了些氧和氢。我没用DS，不清楚是不是DS那边还是CHARMM-GUI那边的问题。 能建议的就是每步骤的PDB都检查一下，看看是哪一步出问题。 |
本帖最后由 人生若只如初见 于 2024-9-21 17:18 编辑 student0618 发表于 2024-9-21 15:19 用DS直接构建的 因为我有很多组蛋白 都是通过DS构建的 然后都是用上述方法进行CHARMM-GUI进行构建，然后跑动力学，结果只有2组蛋白跑断了 。而且我反复看了建模之后的psf文件，氨基酸残基之间都是有肽键连着呢 ，不知道为啥跑断。纯蛋白在charmm-gui solution builder这个模块建模没问题是不是老师 |
| 上载到solution builder的多肽pdb是怎么建的？ |
student0618 发表于 2024-9-20 21:51 因为他是个纯多肽 然后就用的input Generator中的solution builder模块建的 是对的是不是老师 |
| 原始构象可见根本没连起来吧， C端和N端都是单个胺基酸的。你多肽是用什么建的？CHARMM-GUI用了哪builder？ |
| 我不用NAMD，但但凡有这种事，肯定是拓扑信息有问题，否则靠谐振势相连无论如何也不可能跑飞，需要自己检查psf |
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