多肽平衡模拟之后断裂

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-9-20 18:57:18

本帖最后由人生若只如初见于 2024-9-20 18:57 编辑

我用NAMD程序对含有三个氨基酸残基的多肽进行分子动力学模拟，该多肽先用charmm-gui 进行建模之后，再投入NAMD程序进行模拟，平衡模拟跑完之后发现肽链断裂，这是为什么呢，请教各位老师。建模操作反复确认过了，确实没问题。附上我多肽原始的pdb和psf文件以及断裂后成像

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-20 19:04:07

我不用NAMD，但但凡有这种事，肯定是拓扑信息有问题，否则靠谐振势相连无论如何也不可能跑飞，需要自己检查psf

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-20 21:51:54

原始构象可见根本没连起来吧， C端和N端都是单个胺基酸的。你多肽是用什么建的？CHARMM-GUI用了哪builder？

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-9-21 14:17:35

student0618 发表于 2024-9-20 21:51
原始构象可见根本没连起来吧， C端和N端都是单个胺基酸的。你多肽是用什么建的？CHARMM-GUI用了哪builder？

因为他是个纯多肽然后就用的input Generator中的solution builder模块建的是对的是不是老师

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-21 15:19:11

上载到solution builder的多肽pdb是怎么建的？

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-9-21 17:16:45

本帖最后由人生若只如初见于 2024-9-21 17:18 编辑

student0618 发表于 2024-9-21 15:19
上载到solution builder的多肽pdb是怎么建的？

用DS直接构建的因为我有很多组蛋白都是通过DS构建的然后都是用上述方法进行CHARMM-GUI进行构建，然后跑动力学，结果只有2组蛋白跑断了。而且我反复看了建模之后的psf文件，氨基酸残基之间都是有肽键连着呢，不知道为啥跑断。纯蛋白在charmm-gui solution builder这个模块建模没问题是不是老师

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-21 17:32:18

本帖最后由 student0618 于 2024-9-21 17:33 编辑

你给的两张图，尤其是第二张，可清楚见到所有残基C端是COO-而N端是NH3+，多了些氧和氢。我没用DS，不清楚是不是DS那边还是CHARMM-GUI那边的问题。
能建议的就是每步骤的PDB都检查一下，看看是哪一步出问题。

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-9-21 17:40:00

student0618 发表于 2024-9-21 17:32
你给的两张图，尤其是第二张，可清楚见到所有残基C端是COO-而N端是NH3+，多了些氧和氢。我没用DS，不清楚是 ...

好的谢谢老师

lonemen · 发表于 Post on 2024-9-21 20:55:03

对的是不是？没问题是不是？哪里的方言啊

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-21 21:08:36

本帖最后由 student0618 于 2024-9-21 21:09 编辑

lonemen 发表于 2024-9-21 20:55
对的是不是？没问题是不是？哪里的方言啊

我习惯用英语写科学相关的内容，最近才开始尝试练习用中文。跟国内老师聊研究时我都只能中英夹杂的说，有时直接说英语便算了。借这论坛练习中文，结果文笔太差伤到阁下眼睛真是非常抱歉啦，可回贴代我改一改哦。

lonemen · 发表于 Post on 2024-9-21 21:11:54

student0618 发表于 2024-9-21 21:08
我习惯用英语写科学相关的内容，最近才开始尝试练习用中文。跟国内老师聊研究时我都只能中英夹杂的说，有 ...

不好意思，我是纯粹好奇，也不是好奇您的回帖。而且您说的很正宗，没问题

xinlanyh · 发表于 Post on 2024-9-28 20:54:23

你把pdb加载进vmd，然后再把psf加载进去，肽键的N和O坐标都快重叠了，氢的个数明显也不对啊。建模就有严重问题。

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