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pH变化的MD模拟结果和真实试验结果有偏差该如何解释

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刘梦琪

发布时间: 2024-10-10 21:07

正文摘要:

我在真实试验的过程中用pH2处理蛋白质一段时间后，将pH值调回了6，并利用试验表征了一系列结构和活性的变化。试验得到的结果是在pH2时蛋白质的结构展开，pH6时结构又有所收缩但大于原始结构。我想通过MD模拟来进一 ...

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c00jsw00 发表于 Post on 2024-10-18 10:27:15

也許考慮使用constant-pH molecular dynamics方法進行你的計算..

刘梦琪 发表于 Post on 2024-10-18 09:10:05

Seyilaxa 发表于 2024-10-11 16:52
不太清楚你的蛋白有多大、模拟偏差具体是什么，但是100ns可能不足以表现出整个蛋白骨架明显的变化
蛋白质 ...

我的蛋白有122个氨基酸残基。黑色线和蓝色线是两个不同pH的模拟结果，他们俩的变化很小。红色线是蓝色的50ns又经过处理的结果。红色的差别还挺明显的。就是不太清楚为什么蓝色和黑色差别这么小？

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-10-11 16:52:48

不太清楚你的蛋白有多大、模拟偏差具体是什么，但是100ns可能不足以表现出整个蛋白骨架明显的变化
蛋白质从一个亚稳定的结构到另一个稳定结构的变化过程中，有时会陷入一些局部亚稳定的势阱中，所以研究蛋白质骨架的变化通常需要一些增强采样的方法
另外侧链也不会一直保持一种质子化状态，也可以考虑一下恒定pH的模拟http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ight=%BA%E3%B6%A8pH
纵坐标的单位是正确的吗，一般来说RMSD 5-7 nm已经是肉眼可见的巨大结构变化了

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