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伞形采样计算药物分子穿透皮肤双层模型的自由能的部分问题

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dzdhp

发布时间: 2024-10-11 13:23

正文摘要:

本帖最后由 dzdhp 于 2024-10-11 13:59 编辑最近在做药物分子穿透皮肤角质层双层脂质模型的工作，跟细胞膜差不多，只不过是磷脂换成了神经酰胺。后来看 ...

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JinxrDK 发表于 Post on 2024-12-9 16:05:14

类似于GROMACS的WHAM工具gmx wham -sym yes选项也会将z=0两侧体系视作完全对称的

dzdhp 发表于 Post on 2024-10-14 08:57:02

student0618 发表于 2024-10-12 17:21
我没看提到的文献，不过有些做法是拉到膜中间，然后因双层膜的对称性assume energy profile 也是对称的。例 ...

感谢大佬，原来如此，我说咋这么对称

，还以为我跑错了

student0618 发表于 Post on 2024-10-12 17:21:28

本帖最后由 student0618 于 2024-10-12 17:27 编辑

我没看提到的文献，不过有些做法是拉到膜中间，然后因双层膜的对称性assume energy profile 也是对称的。例如这个Amber 的umbrella sampling教程 https://github.com/callumjd/AMBER-Umbrella_COM_restraint_tutorial

面积占据那句应该是指有纳米颗粒挡住，令可供穿膜的面积减少了。

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