伞形采样计算药物分子穿透皮肤双层模型的自由能的部分问题

dzdhp · 发表于 Post on 2024-10-11 13:23:54

本帖最后由 dzdhp 于 2024-10-11 13:59 编辑

最近在做药物分子穿透皮肤角质层双层脂质模型的工作，跟细胞膜差不多，只不过是磷脂换成了神经酰胺。
后来看文献，发现一篇做纳米粒负载药物穿透皮肤的。如图，有纳米粒时的能垒更高，无纳米粒时能垒更低。作者的解释是因为面积被纳米粒占据和药物与纳米粒相互作用影响，药物和纳米粒相互作用我能理解，这个面积占据影响了自由能该如何理解呢，我后来复现了这部分的内容，除了曲线没他这么天衣无缝的对称，开头自由能垒的结果的确一样，求各位大佬指教，感激不尽

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-12 17:21:28

本帖最后由 student0618 于 2024-10-12 17:27 编辑

我没看提到的文献，不过有些做法是拉到膜中间，然后因双层膜的对称性assume energy profile 也是对称的。例如这个Amber 的umbrella sampling教程 https://github.com/callumjd/AMBER-Umbrella_COM_restraint_tutorial

面积占据那句应该是指有纳米颗粒挡住，令可供穿膜的面积减少了。

dzdhp · 发表于 Post on 2024-10-14 08:57:02

student0618 发表于 2024-10-12 17:21
我没看提到的文献，不过有些做法是拉到膜中间，然后因双层膜的对称性assume energy profile 也是对称的。例 ...

感谢大佬，原来如此，我说咋这么对称

，还以为我跑错了

JinxrDK · 发表于 Post on 2024-12-9 16:05:14

类似于GROMACS的WHAM工具gmx wham -sym yes选项也会将z=0两侧体系视作完全对称的

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[GROMACS] 伞形采样计算药物分子穿透皮肤双层模型的自由能的部分问题

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