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GFN2-xTB优化后结果不对称的问题

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milk_q

发布时间: 2024-11-12 20:08

正文摘要:

大佬们，这是GNF2-xTB生成的xtbopt.xyz的结构，原子数：578 energy: -854.969150696996 gnorm: 0.000365993620 化学结构上是左右对称的结构，但是模型上看并不对称，请问有什么问题吗

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sobereva 发表于 Post on 2024-11-13 23:36:11

milk_q 发表于 2024-11-13 08:28
好的 sob老师，请问这个结构上有没有不合理的，是否可以进行下一步动力学

可以

wzkchem5 发表于 Post on 2024-11-13 10:06:36

milk_q 发表于 2024-11-13 01:28
好的 sob老师，请问这个结构上有没有不合理的，是否可以进行下一步动力学

宏观上看不出问题，微观上比如说有没有哪个原子的质子化状态错了就不知道了

milk_q 发表于 Post on 2024-11-13 08:28:49

sobereva 发表于 2024-11-13 04:34
初始结构不精确对称，或者计算的受力不精确对称，都会导致得到的结构不对称
本来此体系就是极度柔性的，能 ...

好的 sob老师，请问这个结构上有没有不合理的，是否可以进行下一步动力学

sobereva 发表于 Post on 2024-11-13 04:34:03

初始结构不精确对称，或者计算的受力不精确对称，都会导致得到的结构不对称
本来此体系就是极度柔性的，能量最低一批构象的能量差近乎为0，而且体系又非常大，要求严格对称没实际意义

sobereva 发表于 Post on 2024-11-13 04:32:39

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “GNF2-xTB优化后结果” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

那叫GFN2-xTB不叫GNF2-xTB

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