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[xtb] GFN2-xTB优化后结果不对称的问题

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大佬们,这是GNF2-xTB生成的xtbopt.xyz的结构,
原子数:578  
energy: -854.969150696996
gnorm: 0.000365993620


化学结构上是左右对称的结构,但是模型上看并不对称,请问有什么问题吗

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发表于 Post on 2024-11-13 04:32:39 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “GNF2-xTB优化后结果” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。

那叫GFN2-xTB不叫GNF2-xTB
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-11-13 04:34:03 | 只看该作者 Only view this author
初始结构不精确对称,或者计算的受力不精确对称,都会导致得到的结构不对称
本来此体系就是极度柔性的,能量最低一批构象的能量差近乎为0,而且体系又非常大,要求严格对称没实际意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 08:28:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-13 04:34
初始结构不精确对称,或者计算的受力不精确对称,都会导致得到的结构不对称
本来此体系就是极度柔性的,能 ...

好的 sob老师,请问这个结构上有没有不合理的,是否可以进行下一步动力学

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发表于 Post on 2024-11-13 10:06:36 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2024-11-13 01:28
好的 sob老师,请问这个结构上有没有不合理的,是否可以进行下一步动力学

宏观上看不出问题,微观上比如说有没有哪个原子的质子化状态错了就不知道了
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2024-11-13 23:36:11 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2024-11-13 08:28
好的 sob老师,请问这个结构上有没有不合理的,是否可以进行下一步动力学

可以
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