student0618 发表于 2024-12-10 12:05 感谢大佬的回答,我还想问下,使用gmx rms命令时,需要选择两次 ,倘若分组配体(l),蛋白质(p),复合物(c),是不是算配体的rmsd两次都选择l,蛋白质两次都选p,复合物两次都选c? |
zhangs 发表于 2024-12-10 11:29 用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。 |
student0618 发表于 2024-12-2 19:44 问下大佬 gromacs 分别算复合物,小分子,蛋白质的rmsd,应该怎么选呀 |
pkuchemistry 发表于 2024-12-6 10:43 好的,谢谢您! |
多看看背景文献,感觉小分子和位点结合不稳定,你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。 |
student0618 发表于 2024-12-2 21:08 谢谢您的回答!铁离子与反应有关,那我还是把铁离子加上再试一试。 |
本帖最后由 student0618 于 2024-12-2 21:09 编辑 抱歉網絡問題重發了 麻煩管理員刪除 |
COO- 是不是和鐵離子結合的? 是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。 有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或者input有什麼問題。 也看看和Ligand有interaction的殘基發生什麼事。 VMD representation 加 same residue as (within 5 of resname 小分子名) 及 update selection every frame。 |
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump? |
student0618 发表于 2024-11-30 07:19 谢谢前辈的回答,万分感谢! 1. 处理过了 2. 是的,我也正在考虑这个问题,但是由于之前加上铁离子体系老是崩溃,所以才考虑先不加铁离子 3. 之前查看过,看了之后不知道下一步该如何操作 4. 这个操作没有想到,谢谢前辈 |
本帖最后由 student0618 于 2024-11-30 07:21 编辑 1. 周期性边界处理了吗? 2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。 3. 也用如VMD检查轨迹,看看哪一帧开始跑掉。 4. 各种重要的结合位点检查加氢是否加对,有没有影响了氢键网络。 |
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