计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

Gromacs蛋白质与配体模拟,Backbone和配体的RMSD波动厉害,不知原因?

查看数: 782 | 评论数: 12 | 收藏 Add to favorites 1
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-11-29 16:08

正文摘要:

本帖最后由 停云云 于 2024-11-29 16:17 编辑 各位前辈好! 最近用Gromacs做蛋白质与配体的模拟,最开始跑100ns,Backbone的RMSD稳定,但是小分子相对于Backbone的RMSD在后期特别波动。查询无果后决定延长时间到 ...

回复 Reply

zhangs 发表于 Post on 2024-12-10 13:06:38
student0618 发表于 2024-12-10 12:05
用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。

感谢大佬的回答,我还想问下,使用gmx rms命令时,需要选择两次 ,倘若分组配体(l),蛋白质(p),复合物(c),是不是算配体的rmsd两次都选择l,蛋白质两次都选p,复合物两次都选c?
student0618 发表于 Post on 2024-12-10 12:05:39
zhangs 发表于 2024-12-10 11:29
问下大佬  gromacs 分别算复合物,小分子,蛋白质的rmsd,应该怎么选呀

用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。
zhangs 发表于 Post on 2024-12-10 11:29:28
student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?

问下大佬  gromacs 分别算复合物,小分子,蛋白质的rmsd,应该怎么选呀
停云云 发表于 Post on 2024-12-6 15:47:31
pkuchemistry 发表于 2024-12-6 10:43
多看看背景文献,感觉小分子和位点结合不稳定,你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。

好的,谢谢您!
pkuchemistry 发表于 Post on 2024-12-6 10:43:22
多看看背景文献,感觉小分子和位点结合不稳定,你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。
停云云 发表于 Post on 2024-12-3 09:35:56
student0618 发表于 2024-12-2 21:08
COO- 是不是和鐵離子結合的? 是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或 ...

谢谢您的回答!铁离子与反应有关,那我还是把铁离子加上再试一试。
student0618 发表于 Post on 2024-12-2 21:08:16
本帖最后由 student0618 于 2024-12-2 21:09 编辑

抱歉網絡問題重發了 麻煩管理員刪除
student0618 发表于 Post on 2024-12-2 21:08:14
COO- 是不是和鐵離子結合的? 是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或者input有什麼問題。

也看看和Ligand有interaction的殘基發生什麼事。
VMD representation 加 same residue as (within 5 of resname 小分子名) 及 update selection every frame。
student0618 发表于 Post on 2024-12-2 19:44:04
3. 檢查出哪裏出問題了? 結構有什麼變化導致這個RMSD jump?
停云云 发表于 Post on 2024-12-2 10:40:42
student0618 发表于 2024-11-30 07:19
1. 周期性边界处理了吗?
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹,看看哪一帧开始跑 ...

谢谢前辈的回答,万分感谢!
1. 处理过了
2. 是的,我也正在考虑这个问题,但是由于之前加上铁离子体系老是崩溃,所以才考虑先不加铁离子
3. 之前查看过,看了之后不知道下一步该如何操作
4. 这个操作没有想到,谢谢前辈
student0618 发表于 Post on 2024-11-30 07:19:35
本帖最后由 student0618 于 2024-11-30 07:21 编辑

1. 周期性边界处理了吗?
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹,看看哪一帧开始跑掉。
4. 各种重要的结合位点检查加氢是否加对,有没有影响了氢键网络。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 01:02 , Processed in 0.236150 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list