Gromacs蛋白质与配体模拟，Backbone和配体的RMSD波动厉害，不知原因？

停云云 · 发表于 Post on 2024-11-29 16:08:39

本帖最后由停云云于 2024-11-29 16:17 编辑

各位前辈好！
最近用Gromacs做蛋白质与配体的模拟，最开始跑100ns，Backbone的RMSD稳定，但是小分子相对于Backbone的RMSD在后期特别波动。查询无果后决定延长时间到200ns，如今两个RMSD在后期都出现特别不合理的波动（之前没有遇到过这样的情况）。本次模拟与之前不同之处有两个：1. 这个蛋白是一个三聚体，我先取了其中一个来模拟；2. 每一个蛋白单体有两个铁离子，由于没有弄明白如何跑金属蛋白，因此决定先删去铁离子试一下。
前两张图第1次跑100ns时Backbone的RMSD和小分子对Backbone的RMSD；后两张图第2次续跑100ns时Backbone的RMSD和小分子对Backbone的RMSD。如今不知该如何操作，望各位前辈指点迷津，万分感谢！

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-30 07:19:35

本帖最后由 student0618 于 2024-11-30 07:21 编辑

1. 周期性边界处理了吗？
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹，看看哪一帧开始跑掉。
4. 各种重要的结合位点检查加氢是否加对，有没有影响了氢键网络。

停云云 · 发表于 Post on 2024-12-2 10:40:42

student0618 发表于 2024-11-30 07:19
1. 周期性边界处理了吗？
2. 若铁离子对结合重要的话应当保留。
3. 也用如VMD检查轨迹，看看哪一帧开始跑 ...

谢谢前辈的回答，万分感谢！
1. 处理过了
2. 是的，我也正在考虑这个问题，但是由于之前加上铁离子体系老是崩溃，所以才考虑先不加铁离子
3. 之前查看过，看了之后不知道下一步该如何操作
4. 这个操作没有想到，谢谢前辈

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-2 19:44:04

3. 檢查出哪裏出問題了？結構有什麼變化導致這個RMSD jump?

停云云 · 发表于 Post on 2024-12-2 20:29:44

本帖最后由停云云于 2024-12-2 20:33 编辑

student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了？結構有什麼變化導致這個RMSD jump?

3. 一个最明显的感觉就是，小分子最开始在里面，然后动着动着就出来了
216/2000帧

C:\Users\XiaoQF\Desktop\上传图片\216.png
1522/2000帧

C:\Users\XiaoQF\Desktop\上传图片\1522.png

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-2 21:08:14

COO- 是不是和鐵離子結合的？是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或者input有什麼問題。

也看看和Ligand有interaction的殘基發生什麼事。
VMD representation 加 same residue as (within 5 of resname 小分子名) 及 update selection every frame。

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-2 21:08:16

本帖最后由 student0618 于 2024-12-2 21:09 编辑

抱歉網絡問題重發了麻煩管理員刪除

停云云 · 发表于 Post on 2024-12-3 09:35:56

student0618 发表于 2024-12-2 21:08
COO- 是不是和鐵離子結合的？是的話沒鐵離子當然結合得不穩定。
有鐵離子崩潰的話要檢查一下崩潰的軌跡或 ...

谢谢您的回答！铁离子与反应有关，那我还是把铁离子加上再试一试。

pkuchemistry · 发表于 Post on 2024-12-6 10:43:22

多看看背景文献，感觉小分子和位点结合不稳定，你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。

停云云 · 发表于 Post on 2024-12-6 15:47:31

pkuchemistry 发表于 2024-12-6 10:43
多看看背景文献，感觉小分子和位点结合不稳定，你得看你的对接结果到底有没有意义才跑MD。

好的，谢谢您！

zhangs · 发表于 Post on 2024-12-10 11:29:28

student0618 发表于 2024-12-2 19:44
3. 檢查出哪裏出問題了？結構有什麼變化導致這個RMSD jump?

问下大佬 gromacs 分别算复合物，小分子，蛋白质的rmsd，应该怎么选呀

student0618 · 发表于 Post on 2024-12-10 12:05:39

zhangs 发表于 2024-12-10 11:29
问下大佬 gromacs 分别算复合物，小分子，蛋白质的rmsd，应该怎么选呀

用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。

zhangs · 发表于 Post on 2024-12-10 13:06:38

student0618 发表于 2024-12-10 12:05
用 gmx make_ndx 分好組再用gmx rms算。

感谢大佬的回答，我还想问下，使用gmx rms命令时，需要选择两次，倘若分组配体（l），蛋白质（p），复合物（c），是不是算配体的rmsd两次都选择l，蛋白质两次都选p，复合物两次都选c？

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