sobereva 发表于 2024-11-28 18:55
重新用grompp生成

老师不好意思 因为刚开始学不太明白，重新生成的指令为“gmx grompp -f md_0_1.mdp -c AB.gro -p AB.top -o AB.tpr”，这样重新生成的过程中，会不会因为没有溶剂了而改变了分子之间的相互作用，导致最后跟原来有溶剂的结果有区别呀

jiushizhege 发表于 2024-11-28 18:46
老师不好意思 还要麻烦您。我通过使用 gmx trjconv 中的“gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n i ...

重新用grompp生成

sobereva 发表于 2024-11-28 17:09
轨迹和tpr里去掉其它部分

老师不好意思 还要麻烦您。我通过使用 gmx trjconv 中的“gmx trjconv -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -o AB.xtc -pbc whole”指令将A,B组的轨迹提取出来了 但是tpr该怎么提取呢？

jiushizhege 发表于 2024-11-28 13:33
老师请问我想看某个组里面的分子之间的归簇情况我该怎么设置呢，我想使用-mol进行分子归簇发现不能选组
...

轨迹和tpr里去掉其它部分

jiushizhege 发表于 2024-11-25 14:23
十分谢谢老师，还有一个问题需要请教就是，gmx clustsize时提供索引文件然后计算，请问选择创建索引文件 ...

A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇

按分子归簇用-mol，help里写明了

用gmx clustsize时提供索引文件，选择溶质的组就完了。索引文件用gmx make_ndx创建