有机分子结晶归簇问题

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发布时间: 2024-11-24 22:21

各位老师，我在做结晶成核的分子动力学模拟的时候，想采用clustsize命令统计一下成簇的分子数，为了防止溶剂对簇的干扰想把溶剂去掉再分析，应该怎样才能去掉呢？还有就是按照原子归簇时，需要提供索引文件，选择的 ...

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sobereva 发表于 Post on yesterday 22:17

jiushizhege 发表于 2024-11-25 14:23
十分谢谢老师，还有一个问题需要请教就是，gmx clustsize时提供索引文件然后计算，请问选择创建索引文件 ...

A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇

按分子归簇用-mol，help里写明了

sobereva 发表于 Post on yesterday 07:35

用gmx clustsize时提供索引文件，选择溶质的组就完了。索引文件用gmx make_ndx创建

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