有机分子结晶归簇问题

jiushizhege · 发表于 Post on 前天 22:21

各位老师，我在做结晶成核的分子动力学模拟的时候，想采用clustsize命令统计一下成簇的分子数，为了防止溶剂对簇的干扰想把溶剂去掉再分析，应该怎样才能去掉呢？还有就是按照原子归簇时，需要提供索引文件，选择的组是指簇中所需选组的数目吗？

sobereva · 发表于 Post on yesterday 07:35

用gmx clustsize时提供索引文件，选择溶质的组就完了。索引文件用gmx make_ndx创建

jiushizhege · 发表于 Post on yesterday 14:23

sobereva 发表于 2024-11-25 07:35
用gmx clustsize时提供索引文件，选择溶质的组就完了。索引文件用gmx make_ndx创建

十分谢谢老师，还有一个问题需要请教就是，gmx clustsize时提供索引文件然后计算，请问选择创建索引文件是不是只能选择原子归簇而不能选择分子归簇呢？选择的组代表的什么意思呢？比如我的组选择A（图）并且原子距离选择默认，这个意思是在选择的A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇嘛？还是在所有体系中原子之间小于3.5埃的簇中包含A组的呢？十分叨扰乱老师

sobereva · 发表于 Post on yesterday 22:17

jiushizhege 发表于 2024-11-25 14:23
十分谢谢老师，还有一个问题需要请教就是，gmx clustsize时提供索引文件然后计算，请问选择创建索引文件 ...

A组里面只要原子之间小于3.5埃就默认成簇

按分子归簇用-mol，help里写明了

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