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求助在用amber对复合物（蛋白酶加一个配体）能量最小化的时候遇到错误

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3048884535

发布时间: 2024-12-2 08:55

正文摘要:

在用amber对复合物（一个蛋白酶加一个配体，在pdb网站下载的，补起了残基）能量最小化的时候，第一步生成复合物的prmtop文件和inpcrd文件时错误（图一为prmtop为0kb）。图二为日志文件提供的错误原因。图三和图二一 ...

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Serious 发表于 Post on 2024-12-2 10:56:22

本帖最后由 Serious 于 2024-12-2 11:21 编辑

1）初步判断，缺少配体的参数；假如你玩过AMBER。。：
1.1）参考的教程：Simulating a pharmaceutical compound with Antechamber and GAFF；
1.2）“1.1”所给教程用的是AM1-BCC电荷。若用RESP电荷（不考虑配体构象分布时）：

antechamber -i gaussian.log -fi gout -o lig.mol2 -fo mol2 -c resp -nc 0 -m 1 -pf y -rn LIG
parmchk2 -i lig.mol2 -f mol2 -o lig.frcmod

复制代码

2）有参数，只是原子名没有对应；

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