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[Amber] 求助在用amber对复合物(蛋白酶加一个配体)能量最小化的时候遇到错误

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在用amber对复合物(一个蛋白酶加一个配体,在pdb网站下载的,补起了残基)能量最小化的时候,第一步生成复合物的prmtop文件和inpcrd文件时错误(图一为prmtop为0kb)。图二为日志文件提供的错误原因。图三和图二一致。

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202412020854064931..png (8.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2024-12-2 10:56:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Serious 于 2024-12-2 11:21 编辑

1)初步判断,缺少配体的参数;假如你玩过AMBER。。:
1.1)参考的教程:Simulating a pharmaceutical compound with Antechamber and GAFF
1.2)“1.1”所给教程用的是AM1-BCC电荷。若用RESP电荷(不考虑配体构象分布时):
  1. antechamber -i gaussian.log -fi gout -o lig.mol2 -fo mol2 -c resp -nc 0 -m 1 -pf y -rn LIG
  2. parmchk2 -i lig.mol2 -f mol2 -o lig.frcmod
复制代码

2)有参数,只是原子名没有对应;

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