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NCI分析问题

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发布时间: 2017-2-21 19:30

正文摘要:

本帖最后由 浅原问问 于 2017-2-22 08:38 编辑 各位老师好,最近做NCI分析的时候遇到一个问题。我做的是两分子的小团簇的NCI分析,首先用Multiwfn做出散点图,为了得到完整的峰,我把settings.ini中的RDG_maxrho ...

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冰释之川 发表于 Post on 2017-2-22 09:04:48
本帖最后由 冰释之川 于 2017-2-22 09:09 编辑
sobereva 发表于 2017-2-22 08:45
-0.3那些峰都已经对应成键了而不是弱相互作用,你留着这些峰,必然等值面图上会有你研究弱相互作用时不 ...


弱相互作用的范围是sign(λ_2)ρ在 [-0.03,0.02]区间内的(参见红框里的的峰,也称之spike),远远超出这个区间都不属于弱相互作用了!所以你在spike图里显示也没意义。
sobereva 发表于 Post on 2017-2-22 08:45:08
浅原问问 发表于 2017-2-22 08:40
是这样,您看散点图里面峰值在-0.3附近,如果用默认的RDG_maxrho的话,在散点图中就看不到峰,所以才改动 ...


-0.3那些峰都已经对应成键了而不是弱相互作用,你留着这些峰,必然等值面图上会有你研究弱相互作用时不想要的东西
浅原问问 发表于 Post on 2017-2-22 08:40:50
冰释之川 发表于 2017-2-21 21:11
不要随意改RDG_maxrho,默认的即可画RDG了

是这样,您看散点图里面峰值在-0.3附近,如果用默认的RDG_maxrho的话,在散点图中就看不到峰,所以才改动的,但是改动之后RDG图又变成了那个样子。。。
浅原问问 发表于 Post on 2017-2-22 08:31:22
sobereva 发表于 2017-2-21 21:52
RDG_maxrho设这么大,就会导致电子密度较大的地方也不会被屏蔽掉,显然化学键区域也会出现对应的等值面。用 ...

可是用默认值的话,散点图里面在-0.3附近的峰值就显示不出来了。。。。那我可不可以用RDG_maxrho=0.3做出来散点图,然后再重新用RDG_maxrho=0.1做RDG图?不好意思老师,下次我一定注意Multiwfn的叫法。真不好意思。。。
sobereva 发表于 Post on 2017-2-21 21:52:44
RDG_maxrho设这么大,就会导致电子密度较大的地方也不会被屏蔽掉,显然化学键区域也会出现对应的等值面。用默认的设置,即把rho>0.05以外的区域截掉就没这个问题。

另外请阅读此文第四条http://sobereva.com/298

传图时建议用jpg或png格式,bmp格式会很占论坛空间
冰释之川 发表于 Post on 2017-2-21 21:11:03
不要随意改RDG_maxrho,默认的即可画RDG了

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