请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 211|回复: 6

[Multiwfn使用咨询] NCI分析问题

[复制链接]

91

帖子

0

威望

464

eV
积分
555

Level 4 (黑子)

发表于 2017-2-21 19:30:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 浅原问问 于 2017-2-22 08:38 编辑

各位老师好,最近做NCI分析的时候遇到一个问题。我做的是两分子的小团簇的NCI分析,首先用Multiwfn做出散点图,为了得到完整的峰,我把settings.ini中的RDG_maxrho设置为3.0,后再用VMD得到RDG图,发现图如下所示:请问这种问题应该怎么解决?谢谢老师!

BPyBF4.PNG

BPyBF4.PNG

BPyBF4.bmp

BPyBF4.bmp

454

帖子

2

威望

1561

eV
积分
2055

Level 5 (御坂)

发表于 2017-2-21 21:11:03 | 显示全部楼层
不要随意改RDG_maxrho,默认的即可画RDG了

评分

参与人数 1eV +1 收起 理由
sobereva + 1

查看全部评分

Stand on the shoulders of giants

9119

帖子

16

威望

1万

eV
积分
20756

管理员

公社社长

发表于 2017-2-21 21:52:44 | 显示全部楼层
RDG_maxrho设这么大,就会导致电子密度较大的地方也不会被屏蔽掉,显然化学键区域也会出现对应的等值面。用默认的设置,即把rho>0.05以外的区域截掉就没这个问题。

另外请阅读此文第四条http://sobereva.com/298

传图时建议用jpg或png格式,bmp格式会很占论坛空间
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395(2000人已满),思想家公社QQ群2号:466017436(讨论计算化学为主,加入时必须注明研究方向)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

91

帖子

0

威望

464

eV
积分
555

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-2-22 08:31:22 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-2-21 21:52
RDG_maxrho设这么大,就会导致电子密度较大的地方也不会被屏蔽掉,显然化学键区域也会出现对应的等值面。用 ...

可是用默认值的话,散点图里面在-0.3附近的峰值就显示不出来了。。。。那我可不可以用RDG_maxrho=0.3做出来散点图,然后再重新用RDG_maxrho=0.1做RDG图?不好意思老师,下次我一定注意Multiwfn的叫法。真不好意思。。。

91

帖子

0

威望

464

eV
积分
555

Level 4 (黑子)

 楼主| 发表于 2017-2-22 08:40:50 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2017-2-21 21:11
不要随意改RDG_maxrho,默认的即可画RDG了

是这样,您看散点图里面峰值在-0.3附近,如果用默认的RDG_maxrho的话,在散点图中就看不到峰,所以才改动的,但是改动之后RDG图又变成了那个样子。。。

9119

帖子

16

威望

1万

eV
积分
20756

管理员

公社社长

发表于 2017-2-22 08:45:08 | 显示全部楼层
浅原问问 发表于 2017-2-22 08:40
是这样,您看散点图里面峰值在-0.3附近,如果用默认的RDG_maxrho的话,在散点图中就看不到峰,所以才改动 ...


-0.3那些峰都已经对应成键了而不是弱相互作用,你留着这些峰,必然等值面图上会有你研究弱相互作用时不想要的东西
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn
计算化学公社:http://bbs.keinsci.com
思想家公社QQ群1号:18616395(2000人已满),思想家公社QQ群2号:466017436(讨论计算化学为主,加入时必须注明研究方向)

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

454

帖子

2

威望

1561

eV
积分
2055

Level 5 (御坂)

发表于 2017-2-22 09:04:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 冰释之川 于 2017-2-22 09:09 编辑
sobereva 发表于 2017-2-22 08:45
-0.3那些峰都已经对应成键了而不是弱相互作用,你留着这些峰,必然等值面图上会有你研究弱相互作用时不 ...

00.jpg
弱相互作用的范围是sign(λ_2)ρ在 [-0.03,0.02]区间内的(参见红框里的的峰,也称之spike),远远超出这个区间都不属于弱相互作用了!所以你在spike图里显示也没意义。
Stand on the shoulders of giants
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

Archiver|手机版|小黑屋|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2017-5-25 14:42 , Processed in 0.096759 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表