你真要说明抗冻的话，得在同样的温度下跑两次MD，一次没有加抗冻剂，一次加了抗冻剂，然后对比一下两次MD中出现的冰的量。

sobereva 发表于 2025-4-1 22:32
先说清楚RMSD是对谁来计算的。假定你说的是对蛋白质算的
当前这只能说明对蛋白质构象稳定性的影响，和抗冻 ...

谢谢社长，RMSD确实是对蛋白算的，我现在的问题是在1200个氨基酸序列的蛋白和60个寡糖静电结合后的RMSD比不加寡糖的control组的RMSD要大，这种是正常的嘛，我文章中其他的实验是证明蛋白与寡糖结合后构象更加稳定以达到抗冻效果，但是现在的MD还是在常温下模拟，并没有模拟抗冻

先说清楚RMSD是对谁来计算的。假定你说的是对蛋白质算的
当前这只能说明对蛋白质构象稳定性的影响，和抗冻的机理没有直接关系。讨论抗冻，需要考察添加的物质怎么避免形成的冰与蛋白质接触、添加的物质如何破坏冰或者阻碍冰的形成等等，也可以通过动力学模拟研究，参考以往的此类文章，非常多。