RMSD能否作为冷冻保护的评判标准？

LIdm

在用分子对接模拟海藻糖和海藻糖盐对肌球蛋白保护时，在恒温恒容后得到初始构象，跑完MD（25 ℃常温）的RMSD越低是不是代表该物质对肌球蛋白的保护效果最好？
类似于这图中，黑线代表水，红色代表海藻糖，蓝色代表海藻糖盐，因此我可以得出海藻糖盐的保护效果更好？（构象变化最小）
【但我的理解是，该状态下只能代表添加物质对蛋白构象的变性影响，而不能评判该糖-蛋白体系对外在条件的抵抗能力（抗冻效果）】
还是说RMSD只作为跑平的一个评判标准，而不涉及对低温保护的评判

sobereva

先说清楚RMSD是对谁来计算的。假定你说的是对蛋白质算的
当前这只能说明对蛋白质构象稳定性的影响，和抗冻的机理没有直接关系。讨论抗冻，需要考察添加的物质怎么避免形成的冰与蛋白质接触、添加的物质如何破坏冰或者阻碍冰的形成等等，也可以通过动力学模拟研究，参考以往的此类文章，非常多。

LIdm

sobereva 发表于 2025-4-1 22:32
先说清楚RMSD是对谁来计算的。假定你说的是对蛋白质算的
当前这只能说明对蛋白质构象稳定性的影响，和抗冻 ...

谢谢社长，RMSD确实是对蛋白算的，我现在的问题是在1200个氨基酸序列的蛋白和60个寡糖静电结合后的RMSD比不加寡糖的control组的RMSD要大，这种是正常的嘛，我文章中其他的实验是证明蛋白与寡糖结合后构象更加稳定以达到抗冻效果，但是现在的MD还是在常温下模拟，并没有模拟抗冻

Daniel_Arndt

你真要说明抗冻的话，得在同样的温度下跑两次MD，一次没有加抗冻剂，一次加了抗冻剂，然后对比一下两次MD中出现的冰的量。