sobereva 发表于 2025-4-7 23:52
“要么是”明显是不当描述。原子间当然可以同时存在静电和范德华作用
GROMACS也支持基于Drude模型的可极 ...

感谢老师！

xxx127 发表于 2025-4-7 17:47
老师我想请教在gromacs中的非键项仅分为静电项和范德华项是代表在gromacs中所有非键作用的本质要么是静电 ...

“要么是”明显是不当描述。原子间当然可以同时存在静电和范德华作用
GROMACS也支持基于Drude模型的可极化力场，此时还可以一定程度描述极化作用

sobereva 发表于 2025-4-7 03:20
前面提到的我的2019年的JCC文章和对应的博文里明确说了，氢键的本质取决于氢键强度。只能说一般强度的氢 ...

老师我想请教在gromacs中的非键项仅分为静电项和范德华项是代表在gromacs中所有非键作用的本质要么是静电项要么是范德华项吗？这种分类方法适用于所有情况吗？

xxx127 发表于 2025-4-6 22:17
所以老师在该图中吸引作用（氢键、卤键）和互斥作用（环、笼的位阻效应）本质都是静电作用，所以才把范 ...

前面提到的我的2019年的JCC文章和对应的博文里明确说了，氢键的本质取决于氢键强度。只能说一般强度的氢键的主要本质是静电作用

离子键主要由强烈的静电吸引相互作用而形成，明显不属于弱相互作用，数量级相差悬殊

wbqdssl 发表于 2025-4-5 20:01
参考下图

感谢

范德华作用包括色散吸引作用（源自电子的库仑相关）和交换-互斥（也叫Pauli互斥）作用，都是量子力学效应。静电作用是经典电磁学的范畴，基于原子核电荷和电子密度分布可直接计算，这跟范德华作用本质截然不同。把下文以及里面提到的sobEDA原文仔细看看很有益
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

你提到的我文中的"一般说的范德华相互作用，以及pi-pi堆积作用的本质都是色散作用" 的语境里的范德华作用、pi-pi堆积作用都是特指其吸引部分。由于色散吸引导致原子间较近距离接触，都伴随着交换-互斥作用的出现。我的文中后面特意专门提了一句：“范德华作用”这个词描述的是电中性的两个原子之间的非共价相互作用，故本质包含了交换-互斥和色散吸引作用两个部分

楼上的图我随便看了一眼，有很多我非常不赞同的地方，像是把经典的偶极-偶极作用归到范德华作用里，这是典型的严重误区（这明显是经典静电作用范畴的作用），下文我专门说了这事
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

再比如把C-R...苯(in plane)称为R...pi，把卤原子...苯(in plane)称为X...pi，主流弱相互作用研究领域没有这么叫的，这种作用跟pi电子根本没明显关系。另建议阅读下文
谈谈pi-pi相互作用
http://sobereva.com/737（http://bbs.keinsci.com/thread-51636-1-1.html）

再比如，在没有前提的情况下，一味地把氢键轨道静电作用里，这也很有误导性，因为不同特征、强度的氢键本质截然不同，见下文
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）

参考下图