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用VMD看Gaussian隐式溶剂模型(IEFPCM/SMD)计算的溶质孔洞及定性表面电荷分布

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本主题由 sobereva 于 2025-7-8 23:56 审核通过

Uus/pMeC6H4-/キ

发布时间: 2025-7-5 02:18

正文摘要:

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-7-8 11:09 编辑用VMD看Gaussian隐式溶剂模型(IEFPCM/SMD)计算的溶质孔洞及定性表面电荷分布 Visualizing solute cavity and qualitative surface charge distribution in G ...

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-7-8 11:05:44

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-7-9 22:05 编辑

今天（7月8日）在一楼更新了第2版的脚本，主要是修改了匹配Gaussian输出文本的逻辑以及添加了些提示，请及时更新。总结下目前的适用性测试：
1. 标题所写的IEFPCM和SMD两种最常用的溶剂模型肯定可用，其他较少用且不推荐用的未测试；
2. 最常用的vdW孔洞构建方法肯定可用，二楼幻灯片里展示的较少见的SAS和SES对于Gaussian内置溶剂也可用、对自定义溶剂且溶剂分子半径未知的情形未测试；
3. 有些原子较分散的团簇体系可能构建出不止一个连续的溶质孔洞，此时输出文件会写成

Separa: There are 2 disjoint cavities,
GePol: Number of generator spheres = 14
...

复制代码

这会干扰第1版的脚本对Number of generator spheres一句的定位，而更新的第2版脚本不再以此句判断溶质孔洞信息结束的位置，因而也可用了；

4. 体系除常规原子外还有Bq鬼原子时，vdW构建的溶质孔洞在该原子处半径为0，例如

Spheres list:
ISph on Nord Re0 Alpha Xe Ye Ze
...
14 Bq 14 0.0000 1.100 6.000000 0.000000 0.000000

复制代码

第2版脚本会在此提醒一句"Note: sphere 13 has a radius of zero"（脚本内部的列表从0开始计数），最终VMD会显示有个X原子而不存在相应孔洞或顶点，视为可用；

5. 体系除根据原子构建的孔洞外还有自定义添加的孔洞时，比如额外输入写成

GeomView
PrintSpheres
ExtraSph=1
{empty}
5.0 0.0 0.0 1.0 1.0
{empty}
{empty}

复制代码

则产生的自定义孔洞缺少on和Nord两列内容

Spheres list:
ISph on Nord Re0 Alpha Xe Ye Ze
...
14 1.0000 1.000 5.000000 0.000000 0.000000

复制代码

第2版脚本会提醒"Note: sphere 13 will not be shown due to unrecognized format"，最终VMD也显示不出该孔洞，但GeomView记录的该孔洞表面的顶点仍能显示。

编辑：此外，目前测试的任务均为基态单点能计算，对几何优化或IRC等多步任务solcav.vmd预计会把所有帧的结构与孔洞全合并到一起，而对激发态涉及平衡溶剂/非平衡溶剂和外迭代什么的就难说了，欢迎讨论。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-7-6 02:27:57

刚做了个补充材料，把几种不同情况的溶质孔洞及表面顶点导出为Wavefront OBJ格式并插入.pptx幻灯片中。原始文件尺寸达711 MB，但发现用xz适当压缩并用split切割以后能满足论坛“单个文件不超过9.8 MB，一日文件总大小不超过48.8 MB”的要求，故上传附件如下。

Supplementary_Information.tar.xz.part-00 (7 MB, 下载次数 Times of downloads: 7)

Supplementary_Information.tar.xz.part-01 (7 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Supplementary_Information.tar.xz.part-02 (7 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Supplementary_Information.tar.xz.part-03 (7 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Supplementary_Information.tar.xz.part-04 (7 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Supplementary_Information.tar.xz.part-05 (6.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)
查看该补充材料的方法稍微有点曲折：
1. 下载完整六个part于同一文件夹，并转移至Linux系统；
2~3. 依次执行下面两条命令——

cat Supplementary_Information.tar.xz.part-* > Supplementary_Information.tar.xz
sha512sum Supplementary_Information.tar.xz

复制代码

——如果返回值为下述字符串则代表成功；

24cf4d8a4ae02a0560c729be03309fdca187cda0b14ad134eef59e986ebb3cf3aff8a97f36c6a308aa4251fbc9f7f71ceb35c825c464c146e9c914b0306cc87b

复制代码

4. 用tar -xvaf Supplementary_Information.tar.xz解压，获得单个.pptx文件；
5. 将.pptx文件转移到Windows系统并用PowerPoint打开，应当看到共7页幻灯片并设置了只读；
6. 点击“仍然编辑”，就可以在后面几页中与3D模型交互了。

当然我理解这么复杂的文件分享流程很容易出问题，如果无法如我所说工作，还请麻烦社长从服务器删除上述附件。

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