为什么酰胺萃取水溶液中金属化合物，NVT后酰胺和水散开了

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发布时间: 2025-9-15 10:40

各位老师好，我在使用GROMACS做酰胺从水溶液中萃取双核钼过氧化物的分子动力学模拟中发现nvt平衡后酰胺和水两种分子的原子和部分基团散开了。酰胺分子初始结构来源于Chemdraw名称转结构，金属过氧化物使用GaussView ...

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陈大名 发表于 Post on 2025-9-16 12:58:01

好的，谢谢社长，我再去检查一遍

sobereva 发表于 Post on 2025-9-16 04:09:16

如果分子确实真实散架了（而不是被盒子边界截断看起来散架），要么是拓扑文件有问题（参数值、成键相关的项等），要么是拓扑信息里原子/分子顺序和结构文件不一致导致参数错乱，结合http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的反复检查

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