为什么酰胺萃取水溶液中金属化合物，NVT后酰胺和水散开了

陈大名 · 发表于 Post on 2025-9-15 10:40:57

各位老师好，我在使用GROMACS做酰胺从水溶液中萃取双核钼过氧化物的分子动力学模拟中发现nvt平衡后酰胺和水两种分子的原子和部分基团散开了。酰胺分子初始结构来源于Chemdraw名称转结构，金属过氧化物使用GaussView构建，之后都用Gaussian进行结构优化和频率计算，再用sobtop生成两种分子的itp文件，我用packmol构建了200个酰氨分子，1300个水分子和40个Mo化合物分子的mdp文件。如果忽略原子散开的问题进行后续的话，在md过程中会出现如下报错：

Fatal error:3 particles communicated to PME rank 8 are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.
This usually means that your system is not well equilibrated.
我对氢原子进行了如下约束：constraint_algorithm = lincs，constraints = h-bonds， lincs_iter = 1，lincs_order = 4，
请问各位老师，原子散开是不是导致了后续的报错，是什么原因造成的，应该怎么解决？

H2Mo2O11esp.itp (13.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

NN.itp (22.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

em.mdp (927 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

nvt.mdp (1.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

npt.mdp (2.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-16 04:09:16

如果分子确实真实散架了（而不是被盒子边界截断看起来散架），要么是拓扑文件有问题（参数值、成键相关的项等），要么是拓扑信息里原子/分子顺序和结构文件不一致导致参数错乱，结合http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的反复检查

陈大名 · 发表于 Post on 2025-9-16 12:58:01

好的，谢谢社长，我再去检查一遍

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