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求助：使用gmx_MMPBSA计算蛋白-蛋白体系的结合能异常大的问题

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clock1993

发布时间: 2025-9-25 15:56

正文摘要:

本帖最后由 clock1993 于 2025-9-25 16:12 编辑最近在学习使用gmx_MMPBSA程序进行结合能分析，分析的体系是一个511+109AA的蛋白-蛋白体系，在前序使用了GROMACS2023.4+Amber14sb力场进行了200ns的分子动力学模拟 ...

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tptp 发表于 Post on 2025-9-26 14:00:40

我做蛋白蛋白的MMGBSA基本都在-100上下波动，正常结果

student0618 发表于 Post on 2025-9-26 12:40:29

clock1993 发表于 2025-9-26 10:09
谢谢老师，是否MMGBSA方法都会倾向于过高估计结合能呢？如果这个结合能直接转化为解离常数的话和实验不太 ...

可以看看相关的benchmark文献。

clock1993 发表于 Post on 2025-9-26 10:09:58

student0618 发表于 2025-9-25 18:30
这个通常是看relative的能量作比较而非absolute value。

谢谢老师，是否MMGBSA方法都会倾向于过高估计结合能呢？如果这个结合能直接转化为解离常数的话和实验不太对的上。

clock1993 发表于 Post on 2025-9-26 10:06:56

jackshoulder 发表于 2025-9-25 21:08
这有什么不合理的？这个-107.40kcal/mol结合自由能是你两个蛋白之间的结合强度，你残基能量分解出来那么多 ...

谢谢老师的解答，主要我之前做的很多都是小分子和蛋白的结合，一般而言计算出结合自由能都在二三十左右，现在这个结果对应算出来的解离常数(KD)值太低了，可能无法与实验上很好的对应，能麻烦您分享一些相关的蛋白蛋白动力学文章，我具体看下主流的做法吗？谢谢！

jackshoulder 发表于 Post on 2025-9-25 21:08:35

这有什么不合理的？这个-107.40kcal/mol结合自由能是你两个蛋白之间的结合强度，你残基能量分解出来那么多个氨基酸都发生了相互作用，这不很正常吗？这个结合自由能与成不成键没有任何关系。为啥要扯到化学键呢？你在看看其他蛋白与蛋白的动力学文章，算了结合自由能的，比你这个结果更大的都有。你这结果很明显是一个正常的值，没有什么可疑虑的。先明白这个结合自由能具体是什么含义

student0618 发表于 Post on 2025-9-25 18:30:37

这个通常是看relative的能量作比较而非absolute value。

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