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本帖最后由 clock1993 于 2025-9-25 16:12 编辑
最近在学习使用gmx_MMPBSA程序进行结合能分析，分析的体系是一个511+109AA的蛋白-蛋白体系，在前序使用了GROMACS2023.4+Amber14sb力场进行了200ns的分子动力学模拟（0盐浓度），并截取最后25ns平衡段进行了MMGBSA计算()，计算结果显示在不考虑熵效应的前提下两者结合能为 -131.91+/- 6.92kcal/mol，引入相互作用熵(IE)后，总体结合自由能依然高达-107.40kcal/mol，达到了强化学键的水平，明显不太合理。在进行细致检查时，发现所取平衡段基本达到稳定，能量计算波动很小，具体看时两个蛋白的结合能贡献主要来源于范德华力，但最终结合构象上也看不出明显不合理的地方，原子分组也是正确的，检查了一圈没找到明显错误。现在有两个问题想请教各位老师：
1.这个MMGBSA的计算结果是可以信赖的吗？如果不是，在计算的时候是哪里出来问题？如果可以，该如何解释这个结果呢？
2.在进行蛋白MMGBSA计算时，之前选取过蛋白-蛋白体系中常用的4，但静电能波动非常剧烈，且SD（prop）很大，查阅资料后发现对大体系可以考虑用更高的介电常数，本例中使用的是8。这个参数是否设置错误？内部介电常数的选取原则是怎么样的？
相关计算结果文件，输入参数，程序运行日志和蛋白结构文件已在附件中给出。感谢各位老师的帮助！
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发表于 Post on 2025-9-25 15:56:22
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