CAOXI 发表于 2025-10-28 07:58
好滴，谢谢老师，我现在上传结构，纳米团簇结构，一个是Cu4I4中心，另一个是Cu2I2中心，Cu与有机膦配体直 ...

明明不是1000个原子，就是个配合物而已，显然得算RESP电荷，并且认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4

CAOXI 发表于 2025-10-27 08:06
好滴，谢谢老师的解答，那我就是直接用体系的结构文件去直接进行第三步，产生拓扑文件，对吧
产生的itp ...

没有原子电荷怎么做计算？你的体系又不是所有原子的原子电荷都接近0的情况
都说了，直接给出体系结构图或者结构文件，你当前算的是什么东西别人都不知道

CAOXI 发表于 2025-10-26 17:33
老师好，我想继续询问一下，这个“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”例子中，对于我 ...

直接给出体系结构图或者结构文件

1000多个原子的情况根本不应该直接算RESP电荷。你的情况属于胡算瞎算的阶段

sobereva 发表于 2025-10-25 08:34
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多，就连 ...

老师好，我想继续询问一下，这个“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”例子中，对于我的体系，可以不进行第一步的优化和振动分析吗，直接第二步计算RESP电荷，我的体系有1000多个原子，而且是完整晶胞体系，我计算了一下，10小时了还没计算完第一步。
如果直接进行第二步计算RESP电荷，那也需要产生chk文件，然后再转化为fch文件吗，还是有其他什么操作
谢谢老师

Huschein 发表于 2025-10-25 10:11
amber中有专门产生含金属的小分子工具 好像叫MECP？ 总之是一个py文件 可以去搜搜

好滴好滴，谢谢

amber中有专门产生含金属的小分子工具 好像叫MECP？ 总之是一个py文件 可以去搜搜

sobereva 发表于 2025-10-25 08:34
sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多，就连 ...

收到，谢谢老师的解答

sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多，就连诸如二茂铁都能搞：
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）
antechamber完全可以弃了