student0618 发表于 2025-11-7 19:53
刚刚扫期刊TOC alert 找到了用vmd作类似分析的tcl脚本，供参考：

原文是： Incorporating Solvation Eff ...

分子动力学得到的构型本身就是粗糙的，你按照可视化软件中的构型，在gaussview里面摆个类似的初猜结构就可以优化了。你在vmd里面看到合适的构型后，label一下相应的某个原子，在命令框里就会出现对应的残基名以及编号，那在gro文件里就有对应的坐标啊。或者直接输入“resname 残基名 and resid 编号”就可以只显示这个分子，最后保存一下就得到了

刚刚扫期刊TOC alert 找到了用vmd作类似分析的tcl脚本，供参考：

原文是： Incorporating Solvation Effects in Oxidative Stability Predictions of Battery Electrolytes https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.5c02984
脚本github页面：https://github.com/JackHoloubek/IP-Sampling

python的话写脚本抓，可以让AI协助写。

先前做过统计分子A和多个分子B/C间hbond的团簇，讨论几个方案后敲定的逻辑是：

• 每一帧算每个A和附近BC的距离及角度，满足条件的frame id, resid, resname, 距离,角度放dictionary
• 算完所有帧后，统计A+BC的比例(有点像楼主的vmd脚本)及出现次数
• 每个A:BC比例抽出一个，可以是随机、或选最理想的距离角度、或再作clustering analysis来选代表性结构
• 3选中的 select frame id、resid、resname存为pdb
  

给出的脚本是要测试及优化，也可以让它别写脚本只brainstorm逻辑，敲定后自己写。


不过后来因为我还是觉得搜得不够全面，A:BC的组合可能性太多又都是黏度高的柔性分子。所以换个方法packmol建small model加个平底势跑动力学搜索给molclus算。(就是衍生这帖http://bbs.keinsci.com/thread-56436-1-3.html的体系)

手动摆个差不多的然后做构型搜索看看