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肝素分子无法用GROMACS生成拓扑文件

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swater

发布时间: 2025-11-14 16:43

正文摘要:

我正在模拟肝素分子和壳聚糖在溶液中的变化，用的肝素是Solution Structure of Heparin dp18 https://www.rcsb.org/structure/3IRI。用GROMACS生成拓扑文件的时候显示Fatal error:Residue 'SGN' not found in residu ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-11-15 06:49:06

又是典型地在没有pdb2gmx的最基本常识的情况下乱用rtp

普通有机分子一律推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

tptp 发表于 Post on 2025-11-14 22:11:09

用sobtop生成拓扑就行

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