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[GROMACS] 肝素分子无法用GROMACS生成拓扑文件

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我正在模拟肝素分子和壳聚糖在溶液中的变化,用的肝素是Solution Structure of Heparin dp18 https://www.rcsb.org/structure/3IRI。用GROMACS生成拓扑文件的时候显示Fatal error:Residue 'SGN' not found in residue topology database。GROMACS的CHARMM27力场无法识别肝素分子中的残基'SGN'。这个怎么办呢

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发表于 Post on 2025-11-14 22:11:09 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop生成拓扑就行

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3#
发表于 Post on 2025-11-15 06:49:06 | 只看该作者 Only view this author
又是典型地在没有pdb2gmx的最基本常识的情况下乱用rtp



普通有机分子一律推荐用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件
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