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求助：使用pymol的pair_fit命令无法将结构重叠该如何解决

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柚子猫拿铁

发布时间: 2025-11-25 13:46

正文摘要:

使用高斯计算的结构保存为pdb文件并且修改之后想用pymol的pair_fit进行重叠查看差异，其中一个用的B3LYP/6311+G(dp)-SDD计算，一个用的M06/def2svp计算，想将两个结构与晶体结构进行对比，pair_fit命令为pair_fit (2 ...

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Serious 发表于 Post on 2025-11-26 00:00:36

1）如果是想看结构，简单改下命令就行，加一个远端的原子：pair_fit (223687-Zn-B3LYP-6311_Gdp-SDD and resi 1 and name N01+N02+N03+N04+C32), (223687-1 and resi 1 and name N1+N2+N1A+N2A+C14A)
像 (N01+N02+N03+N04, N1+N2+N1A+N2A) pair 对应卟啉的四个N，只能保证中心的吻合，无法保证延伸部分的重叠。
2）算数值还是用rdkit算一下rms（毕竟pymol只选了几个原子做pair）

student0618 发表于 Post on 2025-11-25 17:16:21

PyMOL的话图形介面 wizard - Pair Fitting 手动逐个原子对齐试试。

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