求助：使用pymol的pair_fit命令无法将结构重叠该如何解决

柚子猫拿铁

使用高斯计算的结构保存为pdb文件并且修改之后想用pymol的pair_fit进行重叠查看差异，其中一个用的B3LYP/6311+G(dp)-SDD计算，一个用的M06/def2svp计算，想将两个结构与晶体结构进行对比，pair_fit命令为pair_fit (223687-Zn-B3LYP-6311+Gdp-SDD and resi 1 and name N01+N02+N03+N04), (223687-1 and resi 1 and name N1+N2+N1A+N2A)；pair_fit (223687-Zn-M06-def2svp-none and resi 1 and name N01+N02+N03+N04), (223687-1 and resi 1 and name N1+N2+N1A+N2A)，结果像图中这样展示，洋红色为晶体结构，有什么方法能将它们基本重叠吗？

student0618

PyMOL的话图形介面 wizard - Pair Fitting 手动逐个原子对齐试试。

Serious

1）如果是想看结构，简单改下命令就行，加一个远端的原子：pair_fit (223687-Zn-B3LYP-6311_Gdp-SDD and resi 1 and name N01+N02+N03+N04+C32), (223687-1 and resi 1 and name N1+N2+N1A+N2A+C14A)
像 (N01+N02+N03+N04, N1+N2+N1A+N2A) pair 对应卟啉的四个N，只能保证中心的吻合，无法保证延伸部分的重叠。
2）算数值还是用rdkit算一下rms（毕竟pymol只选了几个原子做pair）