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gmx用gpu加速的功耗和利用率怎么样才能提高

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渡边京介

发布时间: 2025-11-26 17:06

正文摘要:

目前在算一个聚合物溶剂体系，体系里有100条1000原子左右的链，1000个200原子左右的分子，以及六万个氯仿分子，合计60w原子，用V-rescale/Berendsen预平衡的时候，GPU功耗能干到340w，占用率90+，接着用V-rescale/P- ...

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渡边京介 发表于 Post on 2025-11-27 17:04:39

AxiEJohn 发表于 2025-11-27 16:13
您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0 ...

谢谢哥，速度快了三分之一都不止

渡边京介 发表于 Post on 2025-11-27 17:04:06

AxiEJohn 发表于 2025-11-27 16:13
您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0 ...

感觉是nb或者bonded里面的一个他总是会分到cpu上，可能我单设置-nb gpu他就把bonded弄cpu上，得一次全设gpu才行

渡边京介 发表于 Post on 2025-11-27 16:51:41

AxiEJohn 发表于 2025-11-27 16:13
您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0 ...

我去，还真是，这四个全gpu就能跑慢了，而且速度快起来了

AxiEJohn 发表于 Post on 2025-11-27 16:13:56

本帖最后由 AxiEJohn 于 2025-11-27 16:15 编辑

渡边京介发表于 2025-11-27 13:39
我是单节点单卡，试了他这个好像没啥效果，把PME分在cpu上更慢了

您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0，-ntomp可根据核心数调整，但我看再高加速也不明显了（过多甚至会减速），若使用四点水等虚拟点位则无法使用 -update gpu。我用得倒是挺快的，本人模拟体系为蛋白质-配体体系。

渡边京介 发表于 Post on 2025-11-27 13:39:45

AxiEJohn 发表于 2025-11-26 21:47
GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1 ...

我是单节点单卡，试了他这个好像没啥效果，把PME分在cpu上更慢了

渡边京介 发表于 Post on 2025-11-27 13:39:08

sobereva 发表于 2025-11-27 03:48
如果你确信差异仅来自于压浴，尝试C-rescale，完全可替代过时的PR压浴。对平衡相和产生相都适用

好的，谢谢老师，我试试这个。我也试过把任务分配在cpu上，以及换gmx版本，也没有什么效果

sobereva 发表于 Post on 2025-11-27 03:48:14

如果你确信差异仅来自于压浴，尝试C-rescale，完全可替代过时的PR压浴。对平衡相和产生相都适用

AxiEJohn 发表于 Post on 2025-11-26 21:47:23

GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=64457
(出处: 计算化学公社)
可以看看这个

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