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[GROMACS] gmx用gpu加速的功耗和利用率怎么样才能提高

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目前在算一个聚合物溶剂体系,体系里有100条1000原子左右的链,1000个200原子左右的分子,以及六万个氯仿分子,合计60w原子,用V-rescale/Berendsen预平衡的时候,GPU功耗能干到340w,占用率90+,接着用V-rescale/P-R产生相,反而功耗掉到250w以下,占用70左右,有没有什么办法可以让计算速度进一步提升呢

gmx软件用的是最新的2025.4版本






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发表于 Post on 2025-11-26 21:47:23 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=64457
(出处: 计算化学公社)
可以看看这个
改正错误有两个途径,一是别人发现,听取别人的批评;二是自我发现,进行自我批评。

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发表于 Post on 2025-11-27 03:48:14 | 只看该作者 Only view this author
如果你确信差异仅来自于压浴,尝试C-rescale,完全可替代过时的PR压浴。对平衡相和产生相都适用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 13:39:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-27 03:48
如果你确信差异仅来自于压浴,尝试C-rescale,完全可替代过时的PR压浴。对平衡相和产生相都适用

好的,谢谢老师,我试试这个。我也试过把任务分配在cpu上,以及换gmx版本,也没有什么效果

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 13:39:45 | 只看该作者 Only view this author
AxiEJohn 发表于 2025-11-26 21:47
GROMACS (2019.3 GPU版) 并行效率测试及调试思路
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1 ...

我是单节点单卡,试了他这个好像没啥效果,把PME分在cpu上更慢了

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发表于 Post on 2025-11-27 16:13:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AxiEJohn 于 2025-11-27 16:15 编辑
渡边京介 发表于 2025-11-27 13:39
我是单节点单卡,试了他这个好像没啥效果,把PME分在cpu上更慢了

您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0,-ntomp可根据核心数调整,但我看再高加速也不明显了(过多甚至会减速),若使用四点水等虚拟点位则无法使用 -update gpu。我用得倒是挺快的,本人模拟体系为蛋白质-配体体系。
改正错误有两个途径,一是别人发现,听取别人的批评;二是自我发现,进行自我批评。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 16:51:41 | 只看该作者 Only view this author
AxiEJohn 发表于 2025-11-27 16:13
您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0 ...

我去,还真是,这四个全gpu就能跑慢了,而且速度快起来了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 17:04:06 | 只看该作者 Only view this author
AxiEJohn 发表于 2025-11-27 16:13
您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0 ...

感觉是nb或者bonded里面的一个他总是会分到cpu上,可能我单设置-nb gpu他就把bonded弄cpu上,得一次全设gpu才行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-27 17:04:39 | 只看该作者 Only view this author
AxiEJohn 发表于 2025-11-27 16:13
您可以试试我用的参数-pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu -update gpu -bonded gpu -gpu_id 0 ...

谢谢哥,速度快了三分之一都不止

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