如何利用CP2K输出的cube文件绘制晶体的静电势表面

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发布时间: 2026-3-25 04:22

各位老师好，最近需要绘制一个有机物晶体的ESP，使用CP2K输出了电子密度和Hartree势的cube文件，使用Multiwfn将Hartree势乘以-1处理为静电势之后利用参考使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和 ...

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KazusaT 发表于 Post on 2026-3-25 11:13:40

sobereva 发表于 2026-3-25 08:54
计算之前可以对体系做恰当的简化，去掉不重要的遮挡关键部分的分子/离子
Multiwfn主功能13也有格点数据 ...

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2026-3-25 08:54:05

KazusaT 发表于 2026-3-25 06:02
老师，我还有一个问题，因为这个晶体本身的原因ESP会比较难以看清，这个晶体是由A+和B-两个片段和一部分 ...

计算之前可以对体系做恰当的简化，去掉不重要的遮挡关键部分的分子/离子
Multiwfn主功能13也有格点数据屏蔽功能，参考手册3.16.9和3.16.10节的说明以及4.13.4节的例子，可以对电子密度cube文件处理，只保留感兴趣区域附近的电子密度而其它区域清零，然后导出新的cube文件

KazusaT 发表于 Post on 2026-3-25 06:02:37

本帖最后由 KazusaT 于 2026-3-25 06:05 编辑

sobereva 发表于 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的，只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

老师，我还有一个问题，因为这个晶体本身的原因ESP会比较难以看清，这个晶体是由A+和B-两个片段和一部分水分子组成的，是否有办法在ESP中只保留一对A+B-，例如通过Multiwfn编辑cub文件，这样可能更清晰。

KazusaT 发表于 Post on 2026-3-25 05:58:06

sobereva 发表于 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的，只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

我发现了，我的1L的第一张图是Vol选择density.cub，第二张图是Vol选择ESP.cub
是我误操作了，我明白您的意思了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2026-3-25 05:39:46

看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的，只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

sobereva 发表于 Post on 2026-3-25 04:59:09

0.001 a.u.电子密度等值面本来就应该是第一张图的分布，第二张图用的等值面数值不合适，明显太大

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