“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 167|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 如何利用CP2K输出的cube文件绘制晶体的静电势表面

[复制链接 Copy URL]

357

帖子

0

威望

838

eV
积分
1195

Level 4 (黑子)

各位老师好,最近需要绘制一个有机物晶体的ESP,使用CP2K输出了电子密度和Hartree的cube文件,使用Multiwfn将Hartree势乘以-1处理为静电势之后利用参考使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图使用ESPiso.vmd尝试绘制静电势表面,但结果比较奇怪
在VMD使用ESPiso.vmd加载显示为



在Draw Style界面选中ESP1.cub并在Trajectory调整范围为-0.03到0.03是,貌似显示出了表面,但颜色非常奇怪

请问这种情况应该如何处理?

由于cube文件较大,使用百度网盘上传:
通过网盘分享的文件:ESP
链接: https://pan.baidu.com/s/1E7K59KjP0uyfgPDPhrxeMA?pwd=4w27 提取码: 4w27

HOF71_opt-1.cif

53.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

优化后晶体结构

HOF71_ESP.out

40.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

单点输出文件

HOF71_ESP.inp

62.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

单点输入文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126147

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2026-3-25 04:59:09 | 只看该作者 Only view this author
0.001 a.u.电子密度等值面本来就应该是第一张图的分布,第二张图用的等值面数值不合适,明显太大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

357

帖子

0

威望

838

eV
积分
1195

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-25 05:34:49 | 只看该作者 Only view this author
@sobereva 您是指第二张图的Isovalue设置过大了吗,上面是默认值0.001的情况,我改为0.0001依然很奇怪

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126147

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2026-3-25 05:39:46 | 只看该作者 Only view this author
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的,只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

357

帖子

0

威望

838

eV
积分
1195

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-25 05:58:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的,只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

我发现了,我的1L的第一张图是Vol选择density.cub,第二张图是Vol选择ESP.cub
是我误操作了,我明白您的意思了,谢谢老师

357

帖子

0

威望

838

eV
积分
1195

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-25 06:02:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 KazusaT 于 2026-3-25 06:05 编辑
sobereva 发表于 2026-3-25 05:39
看不懂你的意思
1L的第一张图的等值面是正确的,只是色彩刻度范围没设合适。1L的第二张图不知道你怎么设的

老师,我还有一个问题,因为这个晶体本身的原因ESP会比较难以看清,这个晶体是由A+和B-两个片段和一部分水分子组成的,是否有办法在ESP中只保留一对A+B-,例如通过Multiwfn编辑cub文件,这样可能更清晰。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126147

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2026-3-25 08:54:05 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2026-3-25 06:02
老师,我还有一个问题,因为这个晶体本身的原因ESP会比较难以看清,这个晶体是由A+和B-两个片段和一部分 ...

计算之前可以对体系做恰当的简化,去掉不重要的遮挡关键部分的分子/离子
Multiwfn主功能13也有格点数据屏蔽功能,参考手册3.16.9和3.16.10节的说明以及4.13.4节的例子,可以对电子密度cube文件处理,只保留感兴趣区域附近的电子密度而其它区域清零,然后导出新的cube文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

357

帖子

0

威望

838

eV
积分
1195

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-25 11:13:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-3-25 08:54
计算之前可以对体系做恰当的简化,去掉不重要的遮挡关键部分的分子/离子
Multiwfn主功能13也有格点数据 ...

好的,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-13 17:35 , Processed in 0.232023 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list