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求助：蛋白配体复合物做不做nvt

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猫毛过敏

发布时间: 2026-3-25 20:38

正文摘要:

各位老师好，我是非科班的初学者，最近在学习使用gromacs做蛋白+小分子的分子动力学模拟，通过某站的相关教学视频和评论区了解到了计算化学公社，特来此进一步学习。整体的模拟流程基本和GROMACS Tutorial过程一致， ...

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猫毛过敏 发表于 Post on 2026-3-26 19:15:24

fhh2626 发表于 2026-3-26 15:08
不做

好的，谢谢指导

猫毛过敏 发表于 Post on 2026-3-26 19:14:57

牧生发表于 2026-3-26 18:44
纠正一点：gmx官方只有手册，没有出过教程

其次，再多多阅读几遍 http://sobereva.com/761，如果还有问 ...

好的，多谢指正，已经意识到我没有做nvt的必要了

牧生 发表于 Post on 2026-3-26 18:44:17

本帖最后由牧生于 2026-3-26 18:46 编辑

纠正一点：gmx官方只有手册，没有出过教程

其次，再多多阅读几遍 http://sobereva.com/761，如果还有问题，就只看最后一行字

fhh2626 发表于 Post on 2026-3-26 15:08:23

不做

student0618 发表于 Post on 2026-3-25 22:53:48

先观察轨迹有什么分别

真要比较重跑几次来比

猫毛过敏 发表于 Post on 2026-3-25 22:17:14

student0618 发表于 2026-3-25 21:07
1. 随机性，见简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=fin ...

我的理解是，先尝试以下内容，排除以下因素再讨论是不是nvt影响了我的结果：
1.重复性：考虑蛋白质模拟，mdrun增加-reprod，确保重复性；修改md.mdp中的gen-vel=yes，做到MD重复跑；
2.RMSD不稳定：观察轨迹动画，尤其是突变帧前后，解释突变；或检查代码，是否在计算RMSD前经过叠合来消除蛋白质的整体运动

猫毛过敏 发表于 Post on 2026-3-25 21:18:48

student0618 发表于 2026-3-25 21:07
1. 随机性，见简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=fin ...

谢谢老师，这就去看

student0618 发表于 Post on 2026-3-25 21:07:43

1. 随机性，见简单谈谈GROMACS模拟重复性的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

2. 见谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 RMSD 相关内容
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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