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各位老师好，我是非科班的初学者，最近在学习使用gromacs做蛋白+小分子的分子动力学模拟，通过某站的相关教学视频和评论区了解到了计算化学公社，特来此进一步学习。整体的模拟流程基本和GROMACS Tutorial过程一致，对同一个复合物（蛋白16074+药物35原子）我尝试了只做NPT预平衡和NVT、NPT预平衡都做的2种情况（如图）。困惑之处在于，为什么会出现这样的结果？哪个结果更稳定？还是都不行呢？
A.只做NPT预平衡的结果
B.NVT预平衡-NPT预平衡
例如有的教程提到“生物大分子在溶液体系中不用做nvt预平衡，直接做NPT预平衡就够了”（大意如此），有的提到NVT、NPT都要做预平衡，说法不一。官方教程的描述又是：“Once the NVT simulation is complete, proceed to NPT with this .mdp file:...”，给我一种“做完NTP该做NPT”的感觉
拜读sob社长的帖子《谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综》后，我的理解是NVT的预平衡更像是以防体系崩溃的补救手段，特定条件下是需要先NVT再NPT，但不是默认。应用到我的情况就是直接做NPT即可，从结果看体系也没有崩溃，我好奇的是，为什么先做了nvt再做npt后，RMSD会出现这样的变化？甚至70-100ns是很稳定的，难道是NVT补救了我的体系吗？如果是由于理论知识的不足，导致问出了很简单浅显、没有技术含量的问题，很抱歉，请批评指正。如果需要更多补充文件，也请指出，谢谢各位老师。
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发表于 Post on 2026-3-25 20:38:08
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