求助：脂肪酸修饰肽链/支链多肽建模方法

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发布时间: 2026-4-27 21:52

本帖最后由 K1ro 于 2026-4-27 21:53 编辑尊敬的各位前辈、老师，大家好！本人最近接触蛋白质建模不久，希望向各位请教一个多肽建模的问题：目前有一个30+氨基酸残基的多肽想要建模，后续通过Gr ...

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KazusaT 发表于 Post on 5 hour ago

本帖最后由 KazusaT 于 2026-4-28 02:02 编辑

K1ro 发表于 2026-4-27 22:04
老师您好，我之前做过非标准氨基酸残基的rtp和hdb文件构建，流程跟您提供的帖子一致的。但现在觉得赖氨酸 ...

pdb2gmx只能处理线性结构，我认为作为支链多此一举，费力不讨好。而且不修改为IUPAC命名也可以，只需要恰当的修改主链上的几个原子名称就可以了。
如果你实在想做成支链，我的建议是参考二硫键的处理方式写specbond文件

K1ro 发表于 Post on yesterday 22:04

student0618 发表于 2026-4-27 21:58
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthr ...

老师您好，我之前做过非标准氨基酸残基的rtp和hdb文件构建，流程跟您提供的帖子一致的。但现在觉得赖氨酸上这一大坨作为一个残基太大了，手动改这些按IUPAC命名也很麻烦，所以才尝试把它作为支链肽上好几个残基来做；目前的主要问题是在支链肽好像不能在格式转化时很好地识别残基（？）

student0618 发表于 Post on yesterday 21:58

Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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