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本帖最后由 K1ro 于 2026-4-27 21:53 编辑
尊敬的各位前辈、老师，大家好！本人最近接触蛋白质建模不久，希望向各位请教一个多肽建模的问题：
目前有一个30+氨基酸残基的多肽想要建模，后续通过Gromacs跑MD计算。但目前建模出现了困难：在中间某个赖氨酸上，其侧链-NH2上连接了两个小分子作为linker，后连接了一条较长的脂肪酸链（类似司美格鲁肽结构，司美格鲁肽结构如图所示）。
起初我的想法是：1、在Gaussview里把这个侧链画好连上，生成mol2文件，再用openbabel转为pdb文件
2、把这两个小分子linker、脂肪酸链都作为非标准氨基酸残基，算封端后约束的RESP电荷，然后自己写rtp和hdb文件
3、通过pdb2gmx对pdb文件补氢，生成拓扑文件等（相当于把这个多肽当作有一个支链的肽）
然而，在第一步就出现了问题，画好mol2后，openbabel转出的pdb文件没法很好地识别氨基酸残基，不仅不能很好识别这个支链，原来主链的很多氨基酸残基都不能很好地按原有顺序识别了。在网上查找了一些教程，如sob老师的687博文（http://sobereva.com/687），但是好像也都只能生成线性肽。
在此，想请教各位大神是否有比较好的方法做这个多肽的建模和Gromacs需要的拓扑文件？或许我这个支链肽的解决方向不是很好，还请各位批评指正，多多提出建议，在此感激不尽，谢谢！
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发表于 Post on yesterday 21:52
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