曼竹w 发表于 2017-12-27 16:16
sob老师，我还有点疑问，1、比如那个计算一个金属离子和一个小分子的结合能，直接画好这个结构，优化后，分 ...

1 是
2 孤立状态下优化的结构和复合物中抠出来的结构能量求差
3 无所谓。前者稍微合理些。如果小分子有多种可能的构象、金属有多个可能的结合位点，应当都进行考虑，取能量最低的状态来算结合能。

sob老师，我还有点疑问，1、比如那个计算一个金属离子和一个小分子的结合能，直接画好这个结构，优化后，分别抠出金属离子和小分子的坐标计算一个单点能就行吗？
                                   2、那比如金属结合以后如何计算这个小分子结合金属后的变形能

                                    3、计算结合能的时候是在小分子优化完后在这个模型上加上金属原子，还是初始构型就画好呢

好的，谢谢sob老师

曼竹w 发表于 2017-12-24 20:30
说错了就是算相互作用能，整体的单点能减去片段的单点能，那这样的话，形变能需要考虑吗，，

看你目的
跟实验比较需要考虑，纯粹研究特定结构下的结合能不用考虑
和主贴没直接关系的问题请到简单量化答疑专贴里问

说错了就是算相互作用能，整体的单点能减去片段的单点能，那这样的话，形变能需要考虑吗，，

曼竹w 发表于 2017-12-24 20:13
sob老师，我现在计算一个金属离子和一个小分子的相互作用能，那么计算的话是用金属离子和小分子整体优化后 ...

零点能减电子能量毫无意义

sob老师，我现在计算一个金属离子和一个小分子的相互作用能，那么计算的话是用金属离子和小分子整体优化后的结构的零点能减去单个小分子和单个金属的能量嘛？那这样的话还包括小分子和金属的形变能呢。像这种情况怎么处理？

曼竹w 发表于 2017-11-15 16:43
可是氨基酸残基如果优化了之后就和原子晶体结构中的氨基酸残基不一样了。

本身真空和在晶体环境中构象就是会存在差异

曼竹w 发表于 2017-9-29 08:50
sob老师，那我从晶体库中提取的结构我不想几何优化不能直接计算频率吧？

不能

可是氨基酸残基如果优化了之后就和原子晶体结构中的氨基酸残基不一样了。

sob老师，那我从晶体库中提取的结构我不想几何优化不能直接计算频率吧？

曼竹w 发表于 2017-9-28 18:49
sob老师，那我要比较重金属和一个材料和一个氨基酸残基的相互作用，这个材料是合成的，我画的时候优化，那 ...

晶体衍射通常只能给你准确的重原子的位置，起码氢的位置还得重新优化。
没有具体情况不好说，氨基酸残基数目不多的情况，最好和体系其余部分一起优化，不做任何限制

sob老师，那我要比较重金属和一个材料和一个氨基酸残基的相互作用，这个材料是合成的，我画的时候优化，那这个氨基酸残基是晶体解析出来的结构，键长键角都是固定的，我需要优化吗？假如不优化想计算提取的结构中金属离子和这个分子的键解离能之和又得不到焓，怎么解决呢？

曼竹w 发表于 2017-9-28 08:32
键长没有发生变化，但是原子坐标发生了变化，难道这不会影响吗？

那是因为调整到了标准朝向，看此文了解基础
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297