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[波函数分析求助] 原子间距很远,键级很小,应该看作是两个片段,还是一个分子

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如下图所示,原子3和4之间距离很大,为2.196, 原子2和5之间距离为2.258,在nbo下计算了Wiberg键级分别为0.270和0.132。结构是在B3LYP/Def2-TZVPP水平下优化得到的,关键词仅为opt freq B3LYP/Def2-TZVPP,请问这应该被认为是一个分子,还是两个片段?万分感谢!



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发表于 Post on 2017-5-24 02:16:36 | 只看该作者 Only view this author
算两个分子
你可以拥Multiwfn绘制ELF图,以及绘制RDG填色等值面图,更进一步考察相互作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-24 10:35:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-24 02:16
算两个分子
你可以拥Multiwfn绘制ELF图,以及绘制RDG填色等值面图,更进一步考察相互作用

谢谢老师!还有个问题,由反应物生成这两个分子的反应中,生成物的能量用这个输出文件的自由能,还是用两个分子NO+SNO的自由能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-24 15:51:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-24 02:16
算两个分子
你可以拥Multiwfn绘制ELF图,以及绘制RDG填色等值面图,更进一步考察相互作用

老师,我作了相关的散点图以及等值面,在散点图上没有出现spike,但是又出现了等值面(如下图),这里是说明两者之间不存在弱相互作用,而是完全孤立的两个分子吗?



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发表于 Post on 2017-5-25 02:13:42 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-5-24 15:51
老师,我作了相关的散点图以及等值面,在散点图上没有出现spike,但是又出现了等值面(如下图),这里是 ...

图中有spike啊,非常清楚
默认的设定下,RDG等值面都出现了,说明算不上化学键作用,只是弱相互作用层面
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-25 11:16:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-25 02:13
图中有spike啊,非常清楚
默认的设定下,RDG等值面都出现了,说明算不上化学键作用,只是弱相互作用层面

老师,我只显示两个原子之间的RDG等值面时,原子上也会出现等值面,如下图,这种情况应该怎么调节啊,谢谢

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发表于 Post on 2017-5-25 13:15:44 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-5-25 11:16
老师,我只显示两个原子之间的RDG等值面时,原子上也会出现等值面,如下图,这种情况应该怎么调节啊,谢 ...

你这图很诡异,怀疑是设定或者计算流程有问题。最好上传波函数文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-25 13:23:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-25 13:15
你这图很诡异,怀疑是设定或者计算流程有问题。最好上传波函数文件

谢谢老师,我用的是fchk文件,麻烦您!
ONONSsynanti.fchk (683.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2017-5-26 03:17:49 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-5-25 13:23
谢谢老师,我用的是fchk文件,麻烦您!

我不晓得你是怎么弄得。我用最新的3.4(dev)版,运行如下命令
5
13
2
-1
结果为

很正常
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-26 08:22:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xujian 于 2017-5-26 08:40 编辑

好的,谢谢老师。我试过了,跟您的一样,难道是之前做散点图的时候改了RDG_maxrho?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-26 09:50:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-26 03:17
我不晓得你是怎么弄得。我用最新的3.4(dev)版,运行如下命令
5
13

老师,我又用RDG分析了一个分子,散点图和RDG等值面如下图一和图二,等值面图看上去有很大的缺口,散点图也不像原文中最左侧附近有那么明显的竖线(图三),请问这样的散点图也能被认为有spike吗,换言之,这样的RDG等值面也能说明这不是一个分子而是两个分子之间存在相互作用吗?


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发表于 Post on 2017-5-26 15:59:14 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-5-26 09:50
老师,我又用RDG分析了一个分子,散点图和RDG等值面如下图一和图二,等值面图看上去有很大的缺口,散点图 ...


出现圆环的原因这里说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
是O和N之间电子密度超过了默认的RDG_maxrho(0.05)所致
由于暗示可能属于强相互作用,应当计算键级、绘制ELF或加以AIM分析来讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-26 21:06:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xujian 于 2017-5-26 21:13 编辑
sobereva 发表于 2017-5-26 15:59
出现圆环的原因这里说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

老师,我作了NBO分析后,两原子之间的Wiberg键级为0.3345,AIM分析如下图一所示,两原子之间存在BCP,可否说明这还是一个分子?


但我感觉AIM分析判断成键的范围很广,比如一楼的分子,RDG分析有较好的等值面,但作AIM分析时,认为其是一个环状分子,如下图二




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发表于 Post on 2017-5-27 05:59:42 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-5-26 21:06
老师,我作了NBO分析后,两原子之间的Wiberg键级为0.3345,AIM分析如下图一所示,两原子之间存在BCP,可否 ...

有键径不代表有化学键,就连离得很远的Ar2之间也有键径。只不过有化学键的一定有键径

绘制ELF图帮助判断本质
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-27 10:17:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-27 05:59
有键径不代表有化学键,就连离得很远的Ar2之间也有键径。只不过有化学键的一定有键径

绘制ELF图帮助判 ...

老师,我分别做了ELF拓扑分析,以及ELF shaded surface map,分别如图一和图二(画圈的为考察的两个原子),图二中ELF值感觉应该小于0.4,这是否可以说明两原子之间没有化学键?另外想请教一下,图一中紫色小球和橙色小球之间的连线代表什么物理意义?麻烦您!




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