做分子筛的，COMPASS力场就是处理不了这种O裸露的情况，需要羟基饱和处理。默认二氧化硅晶体是石英，理论上是没有空间扩散的，你要在MS里找无定型二氧化硅晶体

这个问题想必和SiO2的具体制备工艺关系很大，一方面表面改性处理/封端基团决定了分子跨越气固界面的渗透速率，另一方面体相结构（可能是数不胜数的SiO2晶型/纯硅的“沸石分子筛”中的一种，也可能是多晶甚至无定形结构等等）的密度、孔隙率和孔道尺寸决定了分子在内部的扩散势垒。

复制粘贴两个有关实验组零基础入门计算模拟的讨论帖链接
http://bbs.keinsci.com/thread-41037-1-1.html
https://matsci.org/t/how-to-calc ... -absorbed-gas/45141

我从不用超贵又超慢的M$，不评论此程序相关问题。单从一般模拟角度来说，O2扩散进SiO2需要高温下才能实现，此时O2才有足够的动能，所以必须确保热浴得当，否则只O2只可能在真空区运动。另外，做这个模拟还必须SiO2和O2都用很合适的力场才行（这两种物质文献里都有大量专用力场），要不然O2在SiO2中的扩散能力完全不可能较真实表现出来，而像是COMPASS这种一般向的力场干这个，大概率过于粗糙、很可能被审稿人质疑准确性（除非你能找到相关文献证明COMPASS模拟这个问题是较为靠谱的选择）。

新手拿到一个课题绝对不要随便上来就计算，否则>99%概率都是白浪费时间，必须先充分搜索相关化学知识和理论模拟的文献、先系统学习计算模拟知识，心理有底再做。

Mockingjay 发表于 2026-6-7 16:10
两个图上传的顺序反了，第一个是扩散模拟后的，第二个是初始的，还有就是为什么会出现这种键乱飞的情况，前 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

两个图上传的顺序反了，第一个是扩散模拟后的，第二个是初始的，还有就是为什么会出现这种键乱飞的情况，前期已经进行过几何优化和短时间的NVT平衡