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[Material Studio] 求助MS做一个氧气经SiO2表面向内扩散的模拟

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如图1,我想做一个氧气经SiO2表面向内扩散的模拟,使用Fixed loading在sio2上方插入了一些O2分子,用compass Ⅲ力场进行扩散模拟,最后氧气只在上层运动,不会往里扩散。
刚刚接触这个软件,本身不是化学方向的,有好多东西不太明白,请问各位大佬这个是力场还是什么的问题,还是说MS就不能模拟这个过程?如果可以应该以怎么样的思路建模呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
两个图上传的顺序反了,第一个是扩散模拟后的,第二个是初始的,还有就是为什么会出现这种键乱飞的情况,前期已经进行过几何优化和短时间的NVT平衡

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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
Mockingjay 发表于 2026-6-7 16:10
两个图上传的顺序反了,第一个是扩散模拟后的,第二个是初始的,还有就是为什么会出现这种键乱飞的情况,前 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
我从不用超贵又超慢的M$,不评论此程序相关问题。单从一般模拟角度来说,O2扩散进SiO2需要高温下才能实现,此时O2才有足够的动能,所以必须确保热浴得当,否则只O2只可能在真空区运动。另外,做这个模拟还必须SiO2和O2都用很合适的力场才行(这两种物质文献里都有大量专用力场),要不然O2在SiO2中的扩散能力完全不可能较真实表现出来,而像是COMPASS这种一般向的力场干这个,大概率过于粗糙、很可能被审稿人质疑准确性(除非你能找到相关文献证明COMPASS模拟这个问题是较为靠谱的选择)。

新手拿到一个课题绝对不要随便上来就计算,否则>99%概率都是白浪费时间,必须先充分搜索相关化学知识和理论模拟的文献、先系统学习计算模拟知识,心理有底再做。

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
这个问题想必和SiO2的具体制备工艺关系很大,一方面表面改性处理/封端基团决定了分子跨越气固界面的渗透速率,另一方面体相结构(可能是数不胜数的SiO2晶型/纯硅的“沸石分子筛”中的一种,也可能是多晶甚至无定形结构等等)的密度、孔隙率和孔道尺寸决定了分子在内部的扩散势垒。

复制粘贴两个有关实验组零基础入门计算模拟的讨论帖链接
http://bbs.keinsci.com/thread-41037-1-1.html
https://matsci.org/t/how-to-calc ... -absorbed-gas/45141
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