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发布时间: 2026-6-15 15:27
正文摘要:各位计算化学公社的老师们好，我这里有一个关于过渡态计算的相关问题，这个体系的坐标是来自于一篇关于MMP-1催化相关的文献doi.org/10.1021/acs.jpcb.3c04293，我在尝试使用这个坐标进行过渡态计算的时候，总是出现 ... |
TretopL 发表于 2026-6-16 19:28 懂了懂了，我去试试看看，万分感谢！ |
Yunnzq 发表于 2026-6-15 17:10 qm区和mm区一般是分开处理的，文中用的是turblemol算qm区域（用量子力学方法），dl-poly算mm区域（用经典力学方法），chemshell起到一个接口作用。 你用gaussian直接把mm区域放进来是断然算不动的，mm区域通常涉及qm区周围几埃的所有残基。可能有几千个原子。 建议你先把理论方法调整为原文的方法，还是算不出可以试试把个别重要残基放进来做一个簇模型试试，再然后再考虑oniom或qm/mm。 |
sobereva 发表于 2026-6-15 17:43 好的好的，谢谢sob老师解答！ |
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仔细看文章，弄清楚找过渡态是否用了ONIOM(QM:MM)（注：Gaussian不支持QM/MM） 如果当前TS结构就是纯粹DFT优化出来的，你若想重现，先确保所有计算设置和文献中严格一致，并且opt里用maxstep把步长上限设小、加上recalc=5再试。如果收敛不到过渡态，很可能说明文献本身有问题，最好联系作者 |
TretopL 发表于 2026-6-15 16:09 十分感谢！但是我有一个不太明白的地方，就是要是用QM/MM方法的话是得把MM区的原子放进来还是其他的方法，我这块一直没弄懂 |
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大概扫了一眼，人家用的qmmm，你用纯qm算不出来很正常。而且你的理论方法和原文也不一样，“The QM/MM geometry optimizations and PES scans were performed at DFT/B3LYP/def2-SVP level of theory (B1)”。要复现计算，至少应该先确保理论方法一致，建议阅读http://sobereva.com/678 |
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