求助过渡态计算所出现的问题，已摆成的过渡态水分子中的质子自动优化回正常的H2O

Yunnzq · 发表于 Post on 2 hour ago

各位计算化学公社的老师们好，我这里有一个关于过渡态计算的相关问题，这个体系的坐标是来自于一篇关于MMP-1催化相关的文献doi.org/10.1021/acs.jpcb.3c04293，我在尝试使用这个坐标进行过渡态计算的时候，总是出现已摆成的过渡态水分子中的质子自动优化回正常的H2O的状态（也就是始终没有优化在势能面的鞍点位置上），有知道这个问题出在哪里吗，万分感谢！（附gjf和文献相关文件）

TretopL · 发表于 Post on 1 hour ago

大概扫了一眼，人家用的qmmm，你用纯qm算不出来很正常。而且你的理论方法和原文也不一样，“The QM/MM geometry optimizations and PES scans were
performed at DFT/B3LYP/def2-SVP level of theory (B1)”。要复现计算，至少应该先确保理论方法一致，建议阅读http://sobereva.com/678

Yunnzq · 发表于 Post on halfhour ago

TretopL 发表于 2026-6-15 16:09
大概扫了一眼，人家用的qmmm，你用纯qm算不出来很正常。而且你的理论方法和原文也不一样，“The QM/MM geom ...

十分感谢！但是我有一个不太明白的地方，就是要是用QM/MM方法的话是得把MM区的原子放进来还是其他的方法，我这块一直没弄懂

sobereva · 发表于 Post on 25 min ago

仔细看文章，弄清楚找过渡态是否用了ONIOM(QM:MM)（注：Gaussian不支持QM/MM）
如果当前TS结构就是纯粹DFT优化出来的，你若想重现，先确保所有计算设置和文献中严格一致，并且opt里用maxstep把步长上限设小、加上recalc=5再试。如果收敛不到过渡态，很可能说明文献本身有问题，最好联系作者

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[综合交流] 求助过渡态计算所出现的问题，已摆成的过渡态水分子中的质子自动优化回正常的H2O