高斯优化的铜和抗生素的络合物跑md结构产生不合理或崩溃散架如何解决

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发布时间: 2026-7-27 15:49

本人做铜和美他环素的络合物的分子动力学模拟时，能量极小化正常，但运行md时会出现LINCS warnings或potential energy is nan报错，查看报错步骤的结构发现会出现如图中所示结构崩溃散架胡乱连键的情况，络合物结构 ...

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牧生 发表于 Post on 25 min ago

本帖最后由牧生于 2026-7-27 19:15 编辑

帮你跑了一遍，感觉都很正常的。问题出在B.itp上，用sobtop自动猜就行。附件中有我用的B.itp。我跑完的结果是md.gro
by the way，你重复发了好多贴

md.gro (180.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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