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[GROMACS] 高斯优化的铜和抗生素的络合物跑md结构产生不合理或崩溃散架如何解决

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本人做铜和美他环素的络合物的分子动力学模拟时,能量极小化正常,但运行md时会出现LINCS warnings或potential energy is nan报错,查看报错步骤的结构发现会出现如图中所示结构崩溃散架胡乱连键的情况,络合物结构是用高斯优化的,具体结构见附件,优化所用基组泛函如下图所示,拓扑文件的产生严格按照sobtop中产生过渡金属配合物二茂铁的方法,请问是哪里出了问题
加抗衡离子Cl加水分子的结构见附件solv.gro,能量极小化之后的结构em.gro、络合物的拓扑文件B.itp、总拓扑文件topol.top、运行md的md_PBC.mdp都已上传附件,请大家帮忙看一下是哪里出了问题。
其中该络合物为+1价,盒子大小为3×3×3,做了以下尝试:
(1)只加抗衡离子Cl,不加水,还是能量极小化正常,运行md时出现一样的报错
(2)加抗衡离子Cl之后填充满水分子也是同上述一样的情况
(3)之前发的帖子中用带结合水的六配位Cu也是这样的情况
(4)不用该络合物结构,把金属离子直接添加到抗生素络合位点附近,由于GROMACS自带的amber力场中没有Cu,有Zn,用Zn代替尝试,运行md50ns一切正常,Zn离子能够稳定地维持在络合位点,Cu用UFF的参数尝试,发现Cu离子无法稳定,如果用络合物实在不行的话,采用这种方法是Cu的参数不合适吗?有推荐的参数吗?



报错界面LINCS warning.png (201.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

报错界面LINCS warning

报错界面LINCS warning

energy nan报错界面.png (587.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

energy nan报错界面

energy nan报错界面

step523b结构崩溃散架.png (89.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

step523b结构崩溃散架

step523b结构崩溃散架

step254c结构崩溃散架.png (86.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

step254c结构崩溃散架

step254c结构崩溃散架

结构胡乱连键.png (71.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

结构胡乱连键

结构胡乱连键

优化基组泛函.png (94.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

优化基组泛函

优化基组泛函

B.mol2

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优化后的络合物结构

B.itp

41.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

络合物的拓扑文件

topol.top

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总拓扑文件

solv.gro

118.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

加Cl加水的结构文件

em.gro

118.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

em之后的结构文件

md_PBC.mdp

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跑md的mdp文件

em.mdp

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跑em的mdp文件

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