高斯优化的铜和抗生素的络合物跑md结构产生不合理或崩溃散架如何解决

stone-a · 发表于 Post on 2026-7-27 15:49:31

本人做铜和美他环素的络合物的分子动力学模拟时，能量极小化正常，但运行md时会出现LINCS warnings或potential energy is nan报错，查看报错步骤的结构发现会出现如图中所示结构崩溃散架胡乱连键的情况，络合物结构是用高斯优化的，具体结构见附件，优化所用基组泛函如下图所示，拓扑文件的产生严格按照sobtop中产生过渡金属配合物二茂铁的方法，请问是哪里出了问题
加抗衡离子Cl加水分子的结构见附件solv.gro，能量极小化之后的结构em.gro、络合物的拓扑文件B.itp、总拓扑文件topol.top、运行md的md_PBC.mdp都已上传附件，请大家帮忙看一下是哪里出了问题。
其中该络合物为+1价，盒子大小为3×3×3，做了以下尝试：
（1）只加抗衡离子Cl，不加水，还是能量极小化正常，运行md时出现一样的报错
（2）加抗衡离子Cl之后填充满水分子也是同上述一样的情况
（3）之前发的帖子中用带结合水的六配位Cu也是这样的情况
（4）不用该络合物结构，把金属离子直接添加到抗生素络合位点附近，由于GROMACS自带的amber力场中没有Cu，有Zn，用Zn代替尝试，运行md50ns一切正常，Zn离子能够稳定地维持在络合位点，Cu用UFF的参数尝试，发现Cu离子无法稳定，如果用络合物实在不行的话，采用这种方法是Cu的参数不合适吗？有推荐的参数吗？

牧生 · 发表于 Post on 2026-7-27 19:10:17

本帖最后由牧生于 2026-7-27 19:15 编辑

帮你跑了一遍，感觉都很正常的。问题出在B.itp上，用sobtop自动猜就行。附件中有我用的B.itp。我跑完的结果是md.gro
by the way，你重复发了好多贴

md.gro (180.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

stone-a · 发表于 Post on 2026-7-28 16:19:13

好的谢谢老师，之前发的那个帖子是用带结合水的铜试的不行，没上传输入文件，想着简化体系，用不带结合水的铜，所以就重新发了个帖子，以后会注意滴。想再请教一下老师，您说的B.itp用用sobtop自动猜就行的意思是仿照sobtop中例2那样，不需要使用fchk文件基于hessian矩阵计算，完全使用GAFF和UFF的参数这样吗？我之前的B.itp是按例4产生过渡金属配合物二茂铁的方法生成的

stone-a · 发表于 Post on 2026-7-28 16:19:38

牧生发表于 2026-7-27 19:10
帮你跑了一遍，感觉都很正常的。问题出在B.itp上，用sobtop自动猜就行。附件中有我用的B.itp。我跑完的结果 ...

好的谢谢老师，之前发的那个帖子是用带结合水的铜试的不行，没上传输入文件，想着简化体系，用不带结合水的铜，所以就重新发了个帖子，以后会注意滴。想再请教一下老师，您说的B.itp用用sobtop自动猜就行的意思是仿照sobtop中例2那样，不需要使用fchk文件基于hessian矩阵计算，完全使用GAFF和UFF的参数这样吗？我之前的B.itp是按例4产生过渡金属配合物二茂铁的方法生成的

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